一、山东省急性弛缓性麻痹病例非脊髓灰质炎肠道病毒感染监测分析（论文文献综述）
王艳华,王正娥,张复臣,马敬仓,徐凌忠[1]（2022）在《2019—2020年菏泽市<15岁儿童急性弛缓性麻痹病例监测工作评价》文中研究表明目的对2019—2020年菏泽市急性弛缓性麻痹（acute flaccid paralysis, AFP）病例的监测系统运行数据进行分析,为AFP诊断提供依据。方法下载中国AFP监测信息报告管理系统菏泽市数据库,收集AFP病例临床、流行病学、实验室检测数据,对相关资料进行描述性分析。结果 2019—2020年菏泽市分别报告15岁儿童AFP病例21、10例,报告发病率1.04/10万、0.50/10万,AFP病例分布于全市8个县区。AFP病例48 h及时调查率为100.00%,双份合格大便标本采集率为90.32%,标本送检及时率为80.65%,未发现脊髓灰质炎野病毒（wild poliovirus,WPV）,未检测到肠道病毒（enterovirus,EV）。所有AFP病例均为脊髓灰质炎排除病例,无WPV病例,无脊髓灰质炎疫苗相关病例（vaccine associated paralytic poliomyelitis, VAPP）、脊髓灰质炎疫苗衍生病毒（vaccine-derived poliovirus,VDPV）病例和脊髓灰质炎疫苗变异病毒病例,均为非脊髓灰质炎AFP。其中前4位病种依次为格林巴利综合征、脊髓炎、创伤性神经炎、脑脊髓炎病例,构成比分别为25.81%、12.90%、9.68%、6.45%。结论菏泽市AFP病例监测系统主要运行指标达到保持无脊髓灰质炎状态的要求,但仍有不足,应提高AFP监测的质量。
程文隽[2]（2021）在《2009-2018年中国大陆地区埃可病毒6型流行病学及基因特征分析》文中认为研究目的基于我国大陆地区2009-2018年手足口病例中埃可病毒6型（Echovirus type 6,E6）分离株的测定序列,与GenBank上下载筛选的E6序列进行比对分析,探究我国大陆地区E6的流行病学及分子基因特征,揭示E6的分子变异变迁规律,为我国手足口病的监测防控以及疫苗研制提供基础数据。研究方法通过国家手足口病实验室网络监测系统,在国家脊髓灰质炎实验室标本数据库搜索2009-2018年E6病毒株信息,采用实时荧光定量逆转录聚合酶链式反应（Real-time reverse transcription-polymerase chain reaction,Real-time RT-PCR）方法确定阳性标本,病毒分离上述标本以便于下游实验,通过逆转录聚合酶链式反应（Reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR）方法扩增 E6 靶基因（VP1）及全基因组并进行序列测定。结合GenBank上下载筛选的E6 VP1区及全基因组代表序列,采用Sequencer 5.0、MEGA 5.05、Simplot3.5.1等生物信息学软件构建全球E6数据库。研究结果（1）经过比对筛选得到87株全球E6代表序列。采用ML法构建系统发育树,根据已公布的肠病毒基因分型标准,将E6划分为A～F五个基因型。本研究24株分离株除HEB15-54497H、JX15-110及GZ13-6属于C基因型,其他分离株均属F基因型。（2）利用BEAST软件获得了基于84个全球分布的E6全长VP1序列的MCMC树,结果显示E6（TMRCA）的最早祖先可以追溯到1863年（95%HPD:130-185年前）。贝叶斯天际线分析结果表明中国的E6在2007-2009年期间（尤其是在2009年左右）的流行略有波动。（3）通过整理GenBank上下载的708条序列及本实验室24株E6,研究发现在2008年之后报道的E6逐渐增多,尤其是2008-2013年,达到45.86%。与此同时,从上述整理的序列中统计出356条中国序列,包括17个省,经过分析发现,约50%的毒株由污水分离而来,其次源自无菌性脑膜炎/脑膜炎和急性弛缓性麻痹病例。（4）对本研究E6全基因组分区段建立系统发育树分析,提示至少存在3种重组模式,不同重组模式分别挑选E6代表序列,均与EV-B组的流行株之间发生重组。研究结论（1）自1988年以来,中国流行的E6菌株为C、E和F基因型,F基因型是目前我国最为流行的基因型,且重症死亡病例均分布于此。不同的基因型别在地区及病例类型上分布广泛,统计学无显着的差异性。（2）基因型E和F起源时间非常接近,可能在一段时间内已进化形成两个不同分支。贝叶斯天际线结果提示中国E6在2009年有人口呈小规模增长的趋势。此后,有效种群一直保持稳定水平,病毒突变的变化始终处于较低水平。（3）环境监测中的E6检出率较高,提示病毒在环境中持续存在并且不断进化。（4）本研究中E6均在P2、P3区与EV-B组的流行株发生重组,死亡病例来源的E6株重组相比其他病例来源的E6株更为复杂。图[19]表[13]参[93]
庄雅红[3]（2021）在《疫苗转换后福建省脊髓灰质炎病毒流行株变化及特征分析》文中指出目的:通过人群和外环境监测,阐明2016年5月脊髓灰质炎（脊灰）疫苗免疫策略改变后福建省脊髓灰质炎病毒（Poliovirus,PV）的流行株变化特征,评估新免疫策略是否完全阻断2型脊灰病毒（PV2）,为我省维持“无脊灰”状态及在消灭脊灰后期阶段制定相关免疫策略提供一定的理论依据。方法:在急性弛缓性麻痹病例（Acute Flccid Paralysis,AFP）常规监测基础上,增加健康儿童和环境污水监测。对人群中采集的粪便标本及外环境污水标本进行病毒分离与鉴定,将病毒分离株进行全基因组扩增并测序。应用Excel 2007对监测数据进行汇总、整理,并利用SPSS 19.0对脊灰病毒分布特征进行分析。利用Bio Edit 7.0.9.0、Sequencher 4.1.4对测得的脊灰病毒序列进行拼接、比对,应用MEGA X＿10.2.4、Simplot 3.5.1等生物信息软件对脊灰病毒VP1区基因特征和全基因组序列进行分析,计算脊灰病毒与Sabin疫苗株的核苷酸序列差异性,并分析减毒位点、抗原位点变异及重组等情况。结果:1.福建省AFP监测系统始终维持着高敏感性及高及时性,报告病例分布在疫苗转换前后,9个地市间存在差异,但均达到各要求指标;在年龄组分布中,疫苗转换前以<3岁小年龄组为主,疫苗转换后以3～14岁AFP病例数增多;性别构成比及免疫史等分布均无差异。3956份AFP病例及密切接触者粪便标本中PV分离阳性数62株（1.6%）,疫苗转换前后分离率分别为1.9%（38/1986）和1.2%（24/1970）,两者差别无统计学意义。疫苗转换后不同阶段开展健康儿童带毒率调查,PV分离率为2.3%（27/1161）。2013～2020年环境污水监测标本中PV阳性率为43.1%（196/455）,疫苗转换前后分别为27.5%（39/142）和50.2%（157/313）,转换后明显高于转换前。提示污水中脊灰病毒分离率最高。2.三个不同来源监测到的脊灰病毒株共516株,其中AFP病例62株,健康儿童27株,污水427株,经鉴定均为疫苗相关脊灰病毒（Vaccine-associated Poliovirus,VAPV）。疫苗转换前于AFP病例分离到的38株PV中6株PV1,13株PV2,19株PV3;除3株PV1和1株PV3为高变异株外,其余34株PV的VP1区核苷酸变异数均<6个;疫苗转换后AFP病例分离到的24株PV中7株PV1,17株PV3;其中5株3型疫苗衍生脊灰病毒（Vaccine-derived Poliovirus,VDPV）,其余19株VP1区核苷酸变异数均<6个。健康儿童中分离到27株PV,均为PV3型,变异数均<5个,涉及17个位点。污水中分离到427株PV,均为脊灰疫苗株病毒;疫苗转换前74株中,分别为5株PV1,49株PV2,20株PV3;疫苗转换后353株中,56株PV1,297株PV3;疫苗转换前后共61株PV1的VP1区核苷酸变异数均<5个;PV3在疫苗转换前监测到1株高变异株和1株重组株,转换后监测到1株高变异株和1株VDPV,其余变异均<5个,且大部分变异<2个。可见疫苗转换后,福建省未再监测到PV2型病毒,提示PV2型疫苗株已被阻断。疫苗转换后PV3型成为了绝对优势血清型,发现的高变异株和VDPV也均为PV3型。3.46株代表性毒株全基因组序列分析显示,16株PV1代表株中,疫苗转换前代表株与Sabin1疫苗株的核苷酸序列平均差异性（0.47%）大于疫苗转换后（0.11%）;30株PV3代表株中,疫苗转换前代表株与Sabin3疫苗株的平均差异性（3.43%）较疫苗转换后（4.00%）无差别。3株PV1（3/16,18.6%）及23株PV3（23/30,76.7%）发生重组,无论PV1还是PV3,疫苗转换前的共12重组株中10株（83.3%）与PV2型重组;而疫苗转换后,所有14株重组株均未发现与PV2的重组,再次证实,福建省内已经阻断了PV2型循环。16株PV1代表株中共有4例（62.5%,4/7例AFP）残留麻痹病例,其分离株（5株）均出现1～3个减毒位点回复突变,而无减毒位点回复突变的其他3例均无残留麻痹,提示减毒位点的回复突变可能和病例严重程度关系密切。30株PV3代表株中共有10例（52.6%,10/19例AFP）残留麻痹病例,其分离株（10株）均发生1～4个回复突变,但无残留麻痹的P19-120-2病例分离株也有1个减毒位点回复突变;且所有残留麻痹病例分离株中均发生两种以上变异（重组、减毒位点回复突变、抗原位点变异）,可见单一减毒位点的突变可能还不足以使其致残,尚需其他因素共同作用。结论:1.疫苗转换前后,PV在人群及环境中的分离率没有发生变化,疫苗转换对PV的分布没有造成影响。2.疫苗转换前PV2为PV血清型优势株,疫苗转换后PV3代替PV2成为优势血清型,各监测数据提示福建省已阻断PV2型疫苗株循环,实现了PV2型的消灭。3.重组在脊灰分离株中是常见的,关键毒力位点和抗原位点的变异和病毒致病力有关。4.在常规AFP病例监测基础上,污水和健康儿童监测可以进一步提高脊灰监测敏感性。人群及外环境监测相结合,能够全面阐释福建省脊灰病毒流行变异情况,为我省维持“无脊灰”状态及在消灭脊灰后期阶段制定相关免疫策略提供一定的理论依据。
赵晨旭[4]（2021）在《脊髓灰质炎疫苗免疫策略转换前后肠道病毒的本地循环和遗传进化》文中提出[背景]肠道病毒（Enteroviruses,EVs）为单股正链RNA病毒,是小RNA病毒目（Picornavirales）小RNA病毒科（Picornaviridae）肠道病毒属的成员。最初根据EVs在人体和动物实验中的致病性,将其分为脊髓灰质炎病毒（Polioviruses,PVs）、柯萨奇病毒A组、柯萨奇病毒B组、埃可病毒及EV-D68、EV-A71等新型EV。现基于EV VP1区序列的分子生物学定型方法将肠道病毒属分为15组:肠道病毒 A 组（Enterovirus A,EV-A）到 L 组（Enterovirus L,EV-L）、鼻病毒 A组（Rhinovirus A,RV-A）到 C组（Rhinovirus C,RV-C）,其中人类 EV各血清型为EV-A～EV-D共4个组。PV感染所引起的脊髓灰质炎（脊灰）曾导致我国数以万计的儿童残疾和死亡,其同时也是典型的疫苗可预防性疾病。自我国实施儿童计划免疫以来,一直实行4剂次三价脊灰口服减毒活疫苗（Trivalent Oral Polio Vaccine,tOPV）免疫程序。在全球消灭脊灰行动的最后阶段,为了降低疫苗相关麻痹型脊灰病例（Vaccine-associated Paralytic Poliomyelitis,VAPP）的发生率和疫苗衍生脊灰病毒（Vaccine-derived Poliovirus,VDPV）的流行风险,同时继续维持我国无脊灰状态,我国在2016年5月根据WHO全球的统一要求调整了脊灰免疫策略,在免疫程序中首剂次引入脊髓灰质炎灭活疫苗（Inactivated Polio Vaccine,IPV）,后续剂次使用去掉原来tOPV中的Sabin Ⅱ型的双价脊灰口服减毒活疫苗（Bivalent OPV,bOPV）。目前我国为维持无脊灰状态开展了两种监测工作。全国范围开展的急性弛缓性麻痹（Acute Flaccid Paralysis,AFP）病例监测是我国为及时发现输入性PV野病毒和VDPV及其循环所采取的针对15岁以下人群AFP症状的监测,自1994年建立以来在我国已持续运转数十年。除了探测到PV之外,AFP监测还可以检测到多种非脊灰肠道病毒（Non-polio Enterovirus,NPEV）,是我国在没有专门的EV监测系统的条件下探索NPEV循环的有力手段。环境监测（Environmental Surveillance,ES）是WHO推荐的作为AFP监测系统的补充手段,国内仅在山东省等少数省份开展,其对本地循环的PVs及NPEV检出的敏感性已经在全球多个国家和地区得到证实。我国引入脊灰疫苗新策略将会引起人群中疫苗株PV流行情况的改变,导致产生一系列理论和实际工作中的科学问题。通过ES的方法探索脊灰免疫策略调整后人群中脊灰病毒传播流行的动态变化,有助于提高我们对脊灰病毒在人群中流行的认识,为预警VDPV乃至cVDPV的发生提供依据。同时,开展NPEV的持续性环境污水监测研究,有助于阐明NPEV的循环变化特征及其与临床病例分离株之间的关联,极大丰富NPEV分子流行病学数据,为控制相关疾病的暴发流行提供科学依据。[研究目的]1.分析山东省2015～2018年在我国脊灰免疫策略改变前后环境监测及AFP病例监测系统中脊灰病毒的型别构成动态变化和基因特征。2.分析山东省2015～2018年NPEVs的流行状况,探索其时间循环模式和优势型别的变迁。3.探究NPEV优势流行型别的遗传进化特征。[研究方法]1.标本采集:2015～2018年,在济南、临沂、烟台3个市的城区各选择一处污水处理厂,在污水入口处按月采集污水标本,使用阴离子膜吸附洗脱法进行EV浓缩;同期,开展AFP病例监测,按照《全国急性弛缓性麻痹（AFP）病例监测方案》要求采集并处理AFP病例粪便标本。2.病毒分离:将污水浓缩液和AFP大便悬液接种至RD、Hep-2、L20B细胞进行EV分离,盲传二代,收获冻存EV分离株。3.VP1编码区RT-PCR扩增:提取EV病毒株RNA,使用一步法RT-PCR试剂盒进行EV VP1完整编码区的扩增,PCR产物通过琼脂糖凝胶电泳进行检测。4.基因测序和定型:对PCR阳性产物进行双向Sanger测序,测序结果经拼接整理后,按照EV分子定型方法进行型别鉴定。5.序列分析:对获得的EVVP1完整编码区序列,使用BioEdit（v7.0.9.0）软件进行序列筛选和多序列比对;使用MEGA（v.7.0）软件基于邻位法构建系统发生树;使用BEAST（v.1.10.4）软件对NPEV优势型别毒株进行遗传进化分析,了解其平均进化速率及最近共同祖先,构建最大可信树。6.统计学分析:采用SPSS 27.0软件对流行病学数据进行统计分析,采用卡方检验（χ2）进行率或构成比的检验,P<0.05时认为差异有统计学意义。[主要结果]1.环境污水中PV基因型分布及动态变化本研究期间污水标本中共分离到PV毒株430株,济南市215株（占50%）,临沂市186株（占43.3%）,烟台市29株（占6.7%）。2016年5月（含）脊灰疫苗免疫策略转换前,3种PV型别均有检出,PV1、PV2和PV3分别占35.2%、29.0%和35.8%。新免疫策略实施后,环境中PV2随之消失,PV1分离数目为71株（占26.5%）,PV3分离数197株（占73.5%）。经型内鉴定,未检测到WPV及VDPV,但发现8株PV疫苗高变异株病毒（pre-VDPV）,其中7株分离于脊灰疫苗免疫策略转换之前,1株分离于转换之后。2.AFP病例监测中EV的基因型分布2015～2018年,AFP病例监测系统中共分离到24个型别的105株NPEV毒株,包括CVA2、CVA4～6、CVA10和EV-A71共6种EV-A组型别和CVA9、CVA21、CVB1～B5、E1、E3、E6、E7、E11、E14、E18、E20、E25、E30、E39和E33共19种EV-B组型别。在时间分布上,2015～2018年AFP病例监测系统中NPEV的型别构成不尽相同。2015年检出13种型别的37株NPEV分离株,占AFP监测系统中NPEV毒株数的35.2%,包括4种EV-A型别和9种EV-B型别。2016年分离到31株NPEV（29.5%）,E25、E1和CVB1仅在该年度病例中检出。2017年分离株总数较少,但检出3株引起病毒性脑炎/脑膜炎的重要病原体E30和1株引发HFMD的重要病原体EV-A71。2018年所检测到的NPEV数目相比2017年明显增加,共分离到NPEV毒株28株。E1 1、CVB5及CVA4为2018年AFP监测系统中的优势型别,同时CVB5也仅在2018年被频繁检测到。3.环境监测中EV检出情况2015～2018年,在3个市共采集环境生活污水180份,其中济南市48份、临沂市86份、烟台市46份。PV检出阳性率为46.3%,NPEV样本阳性率为70.7%,济南市PV和NPEV样本阳性率均高于其它两地。2015～2018年,济南、临沂、烟台3个市NPEV检出阳性率均高于PV样本阳性率。除2018年外,其余年份PV样本阳性率均在50%以上,NPEV的样本阳性率始终在70%以上。4.环境污水中NPEV基因型分布及动态变化研究期间,从环境监测系统中检出21种型别的977株NPEV分离株,其中包括14种同期AFP中所检测到的NPEV型别。环境监测中所发现的本地优势型别为 E1 1（32.9%）、CVB5（12.1%）、E3（10.8%）、CVB3（8.9%）及 E6（8.7%）。研究期间每月均有NPEV毒株检出。环境监测中NPEV的型别构成在脊灰疫苗免疫策略转换前后具有差异。疫苗免疫策略转换前,环境中共分离到17种型别的311株NPEV毒株,其中最为流行的型别依次为E6（57/311,18.3%）、E3（56/311,18.0%）、CVB3（55/311,17.7%）、CVB5（38/311,12.2%）及E11（20/311,6.4%）,5种型别构成比差距较小。疫苗免疫策略转换后环境中的优势型别产生变化,E11分离数显着增加;CVB5相比转换前构成比未发生较大变化;前期流行的E3、CVB3、E6在环境中的检出频率则有所下降。环境污水中的NPEV在季节分布上呈现出了夏秋季节流行、冬春季节沉寂的流行模式。值得注意的是E11自2017年起成为山东省尤其是济南市EV流行的主导型别并在2018年持续流行。5.NPEV优势型别分子流行病学和进化遗传学研究对E11、CVB5、E3、CVB3、E6和E30进行遗传进化学分析,6种NPEV型别的全球分离株存在多条传播链共同循环。系统发生学显示山东省分离株具有时间和空间的聚集性,且各型别污水分离株和AFP和AM临床病例分离株亲缘关系密切。六种主要型别的最近共同起源年代为1870～1922年,平均进化速度为3.79×10-3～5.42×10-3 s/s/y,其中E30为起源时间最早的型别,E11为平均进化速率最快的型别。[主要结论]1.PV流行型别随脊灰疫苗免疫策略的实施发生了变化。2015～2018年山东省PV株在环境中的分布随脊灰疫苗免疫策略的实施发生改变,PV2型在免疫策略转换后迅速消失,而PV1型和PV3型的检出比例发生变化,PV3型呈明显上升。2.2015～2018年山东省NPEV优势流行的型别为E11、CVB5、CVB3、E3和E6,各型别均在本地存在多个传播链共同循环。这些型别在污水和AFP病例中均具有较多检出频率,脊灰疫苗免疫策略转换后NPEV型别构成与前期相比也发生变化。系统发生分析显示其环境分离株与病例分离株亲缘关系较近,本地毒株聚集于若干独立的遗传分支上。3.环境监测是掌握PV和NPEV区域性流行的有效手段。在实际疾病预防控制工作中,将临床病例监测和环境监测相结合,将为探索EV分子流行病学特征提供有力的手段。
郑凝旋,陈致飞,张苏晗,李东,张海荣,杨秀惠,潘伟毅,周勇[5]（2021）在《福建省脊髓灰质炎疫苗转换前后AFP病例病原学监测结果分析》文中提出自2016年5月1日起,我国与全球另外154个国家和地区同步实施脊髓灰质炎（以下简称"脊灰"）疫苗免疫策略转换,停用三价口服脊灰减毒活疫苗,改用二价口服脊灰减毒活疫苗。为探讨脊灰疫苗转换对福建省急性弛缓性麻痹（Acute flaccid paralysis,AFP）病例监测结果产生的变化,本研究收集2012-2018年福建省AFP病例的流行病学及实验室监测数据,对脊灰疫苗转换前后AFP病例的监测结果进行描述性分析,采集AFP病例及其接触者粪便标本,并使用RD细胞和L20B细胞进行病毒分离;对L20B阳性分离物进行脊灰病毒（Poliovirus,PV）的型内鉴别（Intratypic differentiation,ITD）,对PV衣壳蛋白VP1编码区核苷酸序列测定和分析。使用SPSS 21.0软件对数据进行统计检验,比较采用χ2检验。结果显示,2012-2018年福建省累计报告AFP病例1 776例,根据AFP病例分类流程确诊的AFP病例1 283例,排除的非AFP病例493例,疫苗转换前后报告发病率平均为2.83/10万和2.71/10万。实验室共检测3 123份粪便标本（包括AFP病例、非AFP病例及接触者）,其中合格标本采集率为92.42%,7日及时送检率为97.85%,14日内病毒分离完成率接近100%,疫苗转换前后PV平均分离率分别为1.91%（38/1986）、1.58%（18/1 137）,非脊灰肠道病毒平均分离率分别为10.22%（203/1 986）、5.45%（62/1 137）。2016年5月1日之前分离出Ⅰ型PV 6株,Ⅱ型PV 13株,Ⅲ型PV 19株;2016年5月1日之后分离出Ⅰ型PV 6株,Ⅲ型PV 12株。本研究结果提示,脊灰疫苗转换前后福建省AFP监测系统运转正常,始终保持较高的敏感性和及时性。2012-2018年福建省分离出的PV均为脊灰疫苗株,毒株血清型别以Ⅲ型为主,VP1编码区核苷酸以低变异为主,未发现疫苗衍生脊灰病毒及脊灰野病毒,疫苗转换后再未检出II型PV,提示II型脊灰疫苗株病毒可能已被阻断。
汤晶晶,李江嵘,李凯,张杰,樊帆,丁峥嵘[6]（2020）在《2007-2018年云南省急性弛缓性麻痹病例肠道病毒A71型基因特征》文中进行了进一步梳理目的分析云南省急性弛缓性麻痹（Acute flaccid paralysis,AFP）病例肠道病毒A71型（Enterovirus A71,EVA71）的基因特征。方法收集云南省2007-2018年AFP病例EV-A71阳性分离株,对分离株进行VP1编码区逆转录-聚合酶链反应扩增和核苷酸序列测定,分析核苷酸同源性和基因亲缘关系。结果从2007-2018年云南省AFP病例中分离获得46株EV-A71,与A、B、C基因型代表株和云南省既往其他来源的分离株之间的核苷酸同源性分别为80.6%-83.0%、81.4%-85.4%、85.4%-99.1%、81.7%-99.8%;同年份分离株之间的核苷酸差异在2018年3株的0.63%至2014年9株的3.75%之间,不同年份分离株之间的核苷酸平均差异在1.77%-7.81%之间;基因亲缘进化分析显示,分离株与C4a基因亚型代表株处于同一分支。结论云南省2007-2018年AFP病例的EV-A71分离株均为C4a基因亚型,与本省其他来源EV-A71分离株的基因亲缘关系相近。
彭靖尧,赵华,黄为,凌华,张敏,谢武娟[7]（2020）在《重庆市2013-2018年急性弛缓性麻痹病例流行病学分析》文中研究表明目的通过对重庆市急性弛缓性麻痹（AFP）患儿的流行病学分析,了解AFP在重庆市的流行规律,为AFP防控工作提供科学依据。方法采用描述性流行病学的方法,对2013-2018年重庆市报告的15岁以下AFP患儿数据进行分析。结果 2013-2018年重庆市累计报告15岁以下AFP患儿593例,年发病率为1.79/100 000～2.53/100 000,年平均发病率为1.96/100 000。重庆市每月均有AFP报告病例,报告病例数最多的月份是3、10和12月。重庆市各辖区均有AFP报告病例。重庆市报告的AFP患儿中,男性明显多于女性,比例为1.8∶1.0。各年龄组AFP发病人数随年龄增加呈减少趋势。AFP患儿中,分离出脊髓灰质炎病毒4株,分离率为0.67%;分离出非脊髓灰质炎肠道病毒50株,分离率为8.43%;分离出肠道病毒54株,分离率为9.11%。结论重庆市AFP发病率维持在一定水平,重庆市AFP的发病表现出明显的季节特征、地区差异和人群差异,需针对其流行特征进行AFP防控。
袁颖[8]（2020）在《新生儿感染埃可病毒11型临床、基因特征及分子检测方法》文中研究说明背景感染是导致新生儿死亡的重要原因,住院患儿因免疫系统不成熟、使用广谱抗生素、接受侵入性外科操作等因素影响,容易发生医院获得性感染,尤其在新生儿重症监护病房（Neonatal Intensive Care Unit,NICU）内,医院获得性感染与患儿的发病率和死亡率显着相关。本实验室长期对我院就诊患者进行发热呼吸道症候群、发热出疹症候群和腹泻症候群病原谱的监测,其中80%为儿童,包括新生儿。在监测工作中发现,2019年5～7月集中检出来自我院NICU 7例埃可病毒11型（echovirus 11,EchoV 11）阳性样本。EchoV 11属于B组肠道病毒,多数致死性肠道病毒感染由EchoV 11所致。1977年至今,国外已报道多起新生儿病房内EchoV 11的暴发,死亡率高;国内目前多为散发病例,近年也开始出现新生儿院内感染的隐患,但尚未引起广泛关注。目前临床常用的EchoV 11检测方法是利用多聚酶链式反应（polymerase chain reaction,PCR）扩增VP1区序列后进行测序鉴定,该方法检测周期较长（约2～3天）,国内外目前还未有针对EchoV 11的快速分子检测方法报道。目的对我院NICU集中检出的EchoV 11感染阳性患儿进行临床特征和EchoV 11 VP1区基因特征分析,探究病例间的关联性以及病毒的进化来源,为EchoV 11不同基因型的流行情况提供参考。并在上述研究基础上,尝试建立针对EchoV 11 VP1区高敏感性、高特异性的荧光定量PCR（Quantitative PCR,qPCR）方法,用于EchoV 11的快速检测,代替耗时长的传统VP1区扩增测序分型,以期实现对该病原引起的院内及社区获得感染进行快速、简便筛查及监测。方法1.对2013年1月1日至2019年12月31日我院NICU疑似肠道病毒感染的患儿采集肛拭子样本,筛选出非EV-A71/CV-A16的肠道病毒阳性样本,进行5’-UTR和VP1区扩增测序分型,对分型鉴定为EchoV 11阳性样本进行分离培养,扩增VP1区完整序列并测序。分析EchoV 11阳性患儿的临床特征,同时根据VP1区完整序列构建系统进化树,比较本研究分离株与国内外其他分离株的进化距离。2.参考近年国内流行的EchoV 11序列设计引物,建立针对EchoV 11 VP1区高敏感性、高特异性的qPCR方法,并构建重组质粒作为标准品,分析方法灵敏度、特异性、检测限和重复性。结果1.2019年5～7月检出来自我院NICU 6位患儿的7例EchoV 11阳性样本（9.7%）,6位患儿均有气促、呼吸困难等临床表现。分离培养获得4株EchoV 11,核苷酸同源性97.9%～100.0%,氨基酸同源性99.0%～100.0%,均为D5亚型,与2019年广东省CDC分离的云浮株和顺德株高度同源。系统发育分析与国内其他地区2016年开始流行的D5亚型毒株进化距离相近;与国外分离株:AY121374.1（突尼斯1999年）、AY121375.1（荷兰2010年）、HG793702.1（法国2010年）和MN896926.1（美国2019年）属于同一分支,进化距离相近。2.本研究成功建立了适用于国内流行的EchoV 11 SYBR Green qPCR检测方法,扩增效率为84.0%,灵敏度、特异性分别为100.0%（95%CI:56.1%～100.0%）和98.7%（95%CI:91.8%～99.9%）,检测下限为104～105copies/ml,检测结果变异系数为1.60%～4.73%。结论1.本研究分离的EchoV 11均为D5基因亚型,与近年我国其他D5亚型分离株同源性高。该亚型可能由荷兰、法国等地输入,并于近年开始在国内流行,可侵犯呼吸系统、神经系统,引起相应的呼吸道和神经系统症状。未来EchoV 11的流行趋势有待后续研究进一步分析。2.本研究成功建立了适用于国内流行的EchoV 11 SYBR Green qPCR检测方法,初步探究灵敏度、特异性和检测重复性均较好,但由于参与分析的样本量较少,检测性能评估不够全面,针对此类快速分子诊断方法的检测性能、应用前景,以及可否有效提高临床对感染患者的诊断效率,还有待后续相关研究进一步评估或改进。
沙娜,王文祥,马敬仓,刘景顺,徐凌忠[9]（2020）在《1例脊髓灰质炎疫苗联合序贯免疫偶合急性弛缓性麻痹的调查》文中认为目的调查1例病例接种1剂次脊髓灰质炎灭活疫苗（inactivated poliovirus vaccine,IPV）、2剂次脊髓灰质炎减毒活疫苗（bivalent oral poliovirus vaccine,bOPV）与发生急性弛缓性麻痹（acute flaccid paralysis,AFP）事件之间的关联性。方法个案调查阶段,资料收集疫苗受种方、接种方以及疫苗生产企业资料。市、县两级预防接种异常反应（adverse events following immunization,AEF1）调查诊断专家组提出诊断意见。结果该病例先后接种多种疫苗,其中接种第1剂次IPV时间为2017年2月22日,接种2剂次bOPV时间分别为2017年3月23日、4月23日。于2018年12月21日开始发病,出现右上肢、左下肢麻痹症状,先后在县级、省级医院就诊,主要诊断为AFP。大便标本无病毒检出。T淋巴细胞亚群检测结果正常。预防接种过程符合操作规程,疫苗质量合格。市、县两级AEFI调查诊断专家组现场体检,右上肢近端肌力、远端肌力分别为Ⅰ级、Ⅱ级,左下肢近端肌力、远端肌力分别为IV-级、IV+级,右上肢、左下肢近端肌肉均明显萎缩、肌张力低,左下肢略外旋。调查诊断意见为不属于疫苗接种异常反应。结论该病例所接种的疫苗与其发生AFP症状无关联。
刘晓庆,李健雄,刘师文,肖芳,施勇,熊英[10]（2020）在《江西省2013-2017年急性弛缓性麻痹病例相关肠道病毒感染监测分析》文中认为目的分析江西省15岁以下儿童急性弛缓性麻痹（Acute Flaccid Paralysis,AFP）病例肠道病毒感染的特征,为其防控策略制定提供科学依据。方法对江西省2013-2017年AFP肠道感染进行统计分析,采用分子生物学方法对分离到的136株非脊髓灰质炎肠道病毒（NPEVs,简称非脊灰肠道病毒）进行VP1区部分核酸扩增和序列测定。将测定的结果与Gene Bank进行BLAST比较分析。结果 2013-2017年江西省AFP病例非脊灰肠道病毒感染率为7.28%;5-8月份肠道病毒感染病例占49.81%;5岁以下病例感染率为9.87%;基因测序获得132个毒株序列,经BLAST比较分析,共包括22个血清型,分别属于A组肠道病毒（HEV-A）,B组肠道病毒（HEV-B）和C组肠道病毒（HEV-C）,无HEV-D组毒株,其中HEV-A组毒株包括7个基因型49株,HEV-B组毒株包括14个基因型82株,HEV-C组毒株包括1个基因型1株。132株病毒中,以EV71所占比例最大（21/132）。结论 2013-2017年江西省急性弛缓性麻痹病例非脊灰肠道病毒感染高峰为夏秋季,小年龄组儿童易感,并且男性儿童的感染率高于女性儿童。AFP病例分离的NPEV以A和B组为主,A组的EV71为主要型别。
二、山东省急性弛缓性麻痹病例非脊髓灰质炎肠道病毒感染监测分析（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、山东省急性弛缓性麻痹病例非脊髓灰质炎肠道病毒感染监测分析（论文提纲范文）
（1）2019—2020年菏泽市<15岁儿童急性弛缓性麻痹病例监测工作评价（论文提纲范文）
| 1 资料与方法 |
| 1.1 资料来源 |
| 1.2 方法 |
| 2 结 果 |
| 2.1 AFP病例监测指标概况 |
| 2.2 地区分布 |
| 2.3 时间分布 |
| 2.4 年龄、性别与职业分布 |
| 2.5 实验室检测 |
| 2.6 病例临床诊断分类 |
| 2.7 病毒学诊断 |
| 2.8 肢体麻痹部位与肌力 |
| 2.9 监测敏感性与及时性 |
| 3 讨 论 |
| 3.1 国内外AFP病例发病率、病原学与免疫策略研究现状 |
| 3.3 完善脊髓灰质炎免疫措施，统筹常规免疫与新冠肺炎防控 |
（2）2009-2018年中国大陆地区埃可病毒6型流行病学及基因特征分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 注释说明清单 |
| 引言 |
| 1 实验材料 |
| 1.1 标本来源 |
| 1.1.1 标本的采集运输与处理 |
| 1.1.2 E6标本、序列来源信息 |
| 1.2 材料 |
| 1.2.1 实验主要试剂 |
| 1.2.2 实验主要仪器 |
| 1.2.3 实验主要耗材 |
| 2 实验方法 |
| 2.1 RD细胞的复苏与传代 |
| 2.1.1 RD细胞复苏方法 |
| 2.1.2 RD细胞传代方法 |
| 2.2 E6标本的病毒接种与分离 |
| 2.3 E6标本的核酸提取 |
| 2.4 实时荧光定量(Real-time RT-PCR)鉴定E6 |
| 2.4.1 荧光定量RT-PCR所用探针和引物 |
| 2.4.2 反应体系比例配置及循环条件 |
| 2.4.3 实验对照设置 |
| 2.4.4 实验结果分析 |
| 2.5 E6编码区VP1及全长序列扩增 |
| 2.5.1 扩增测序引物设计 |
| 2.5.2 RT-PCR反应体系及条件 |
| 2.5.3 琼脂糖凝胶电泳鉴定RT-PCR产物 |
| 2.5.4 RT-PCR产物的核苷酸序列测定 |
| 2.5.5 序列的拼接及整理 |
| 2.6 E6生物信息学分析 |
| 2.6.1 系统发育树的建立 |
| 2.6.2 进化起源分析 |
| 2.6.3 重组进化分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 实时荧光定量(Real-time RT-PCR)鉴定结果 |
| 3.2 E6病毒分离结果 |
| 3.3 E6序列扩增结果 |
| 3.3.1 琼脂糖凝胶电泳结果 |
| 3.3.2 序列测定结果 |
| 3.4 我国大陆地区2009-2018年E6 VP1编码区基因特征分析 |
| 3.4.1 E6系统发育树的建立和基因型划分 |
| 3.4.2 E6 VP1编码区进化起源分析 |
| 3.4.3 三种基因型在中国大陆地区的传播 |
| 3.5 11株E6全基因组进化分析 |
| 3.5.1 11株E6全基因组序列同源性分析 |
| 3.5.2 E6非编码区亲缘关系分析 |
| 3.5.3 E6在P1编码区亲缘关系分析 |
| 3.5.4 E6在P2、P3非结构蛋白编码区亲缘关系分析 |
| 3.6 11株E6全基因组序列重组分析 |
| 4 讨论 |
| 5 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 埃可病毒6型的研究进展 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简介及攻读硕士学位期间发表的学术论文 |
（3）疫苗转换后福建省脊髓灰质炎病毒流行株变化及特征分析（论文提纲范文）
| 主要英文缩略词 |
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 前言 |
| 1 脊髓灰质炎 |
| 2 脊灰病毒病原学特征 |
| 3 脊灰疫苗 |
| 4 全球消灭脊灰进展 |
| 5 本课题研究目的 |
| 材料和方法 |
| 1 主要试剂与耗材 |
| 1.1 主要试剂 |
| 1.2 主要耗材 |
| 1.3 仪器设备 |
| 1.4 课题研究相关生物信息学软件 |
| 2 研究方法 |
| 2.1 相关定义 |
| 2.2 研究对象 |
| 2.3 标本采集 |
| 2.4 标本处理 |
| 2.5 细胞复苏 |
| 2.6 细胞传代 |
| 2.7 细胞冻存 |
| 2.8 病毒分离 |
| 2.9 病毒鉴定 |
| 2.10 全基因组序列测定与分析 |
| 2.11 统计学分析 |
| 结果 |
| 一、脊灰病毒监测 |
| 1 AFP病例监测情况 |
| 2 健康儿童带毒率调查 |
| 3 外环境监测情况 |
| 二、脊灰病毒变异特征 |
| 1 VP1 区特征分析 |
| 2 全基因组特征分析 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 Ⅱ型脊灰野病毒消灭后脊灰疫苗株病毒的变化趋势 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
（4）脊髓灰质炎疫苗免疫策略转换前后肠道病毒的本地循环和遗传进化（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 缩略语说明 |
| 前言 |
| 1. 研究背景 |
| 2. 研究目的与意义 |
| 材料与方法 |
| 1. 实验材料 |
| 2. 方法 |
| 3. 质量控制 |
| 结果 |
| 1. 环境监测中PV分离情况 |
| 2. AFP病例监测中肠道病毒的型别构成 |
| 3. 环境监测中肠道病毒检出概况 |
| 4. 环境监测中NPEV分离情况 |
| 5. NPEV优势型别系统发生学分析 |
| 6. NPEV优势型别进化起源及进化速率 |
| 讨论 |
| 1. 脊灰疫苗免疫策略转换前后PV毒株分离及变异 |
| 2. NPEV的本地循环 |
| 3. NPEV的系统发生与进化遗传 |
| 4. 环境监测在GPEI及NPEV相关疾病预防中的作用 |
| 本研究的创新点与不足 |
| 主要结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读硕士期间发表的论文 |
| 学位论文评阅及答辩情况表 |
（5）福建省脊髓灰质炎疫苗转换前后AFP病例病原学监测结果分析（论文提纲范文）
| 材料与方法 |
| 1研究对象与资料来源 |
| 2粪便标本采集 |
| 3病毒分离与型内鉴定 |
| 4 VP1编码区核苷酸序列测定和分析 |
| 5统计学分析 |
| 6评价指标 |
| 6.1福建省AFP系统监测敏感性 |
| 6.2福建省AFP系统监测及时性 |
| 结果 |
| 1 2012-2018年福建省AFP病例的流行病学特征 |
| 1.1地区分布 |
| 1.2人群分布 |
| 1.3免疫史 |
| 2 AFP病例及其接触者标本采集 |
| 3 AFP粪便标本病毒分离 |
| 4福建省AFP监测系统分析 |
| 4.1监测敏感性 |
| 4.2 AFP监测及时性 |
| 讨论 |
（6）2007-2018年云南省急性弛缓性麻痹病例肠道病毒A71型基因特征（论文提纲范文）
| 材料与方法 |
| 1标本来源与数据收集 |
| 2病毒分离 |
| 3病毒RNA提取与VP1编码区序列测定 |
| 4生物信息学分析 |
| 结果 |
| 1 EV-A71分离阳性AFP病例特征 |
| 2 VP1编码区核苷酸和氨基酸同源性 |
| 3 VP1编码区基因亲缘关系 |
| 4 氨基酸变异位点 |
| 5 核苷酸序列的提交 |
| 讨论 |
（7）重庆市2013-2018年急性弛缓性麻痹病例流行病学分析（论文提纲范文）
| 1 资料与方法 |
| 1.1 一般资料 |
| 1.2 方法 |
| 1.3 统计学处理 |
| 2 结果 |
| 2.1 流行概况 |
| 2.2 时间分布 |
| 2.3 地区分布 |
| 2.4 人群分布 |
| 2.5 病原检测结果 |
| 3 讨论 |
（8）新生儿感染埃可病毒11型临床、基因特征及分子检测方法（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 前言 |
| 第一章 新生儿感染EchoV 11的临床特征和VP1区基因特征分析 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 实验方法 |
| 1.3 实验结果 |
| 1.4 讨论 |
| 第二章 EchoV 11荧光定量PCR检测方法的建立 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.3 实验结果 |
| 2.4 讨论 |
| 全文总结 |
| 参考文献 |
| 中英文对照缩略词表 |
| 攻读学位期间成果 |
| 致谢 |
（9）1例脊髓灰质炎疫苗联合序贯免疫偶合急性弛缓性麻痹的调查（论文提纲范文）
| 1 资料与方法 |
| 1.1 资料来源 |
| 1.2 调查方法 |
| 2 结 果 |
| 2.1 基本情况 |
| 2.2 发病及诊治 |
| 2.3 AEFI调查诊断专家组开展调查诊断 |
| 2.4 疫苗接种情况 |
| 2.5 同批号疫苗使用情况 |
| 2.6 个案调查、标本采集检验 |
| 2.7 调查诊断意见 |
| 3 讨 论 |
（10）江西省2013-2017年急性弛缓性麻痹病例相关肠道病毒感染监测分析（论文提纲范文）
| 1 材料 |
| 1.1 数据资料来源 |
| 1.2 粪便标本处理 |
| 2 方法 |
| 2.1 病毒核酸的提取及引物设计 |
| 2.2 RT-PCR与序列测定 |
| 2.3 结果分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 NPEV分离率 |
| 3.2 时间分布 |
| 3.3 地区分布 |
| 3.4 人群分布 |
| 3.5 测序定型结果 |
| 4 讨论 |
四、山东省急性弛缓性麻痹病例非脊髓灰质炎肠道病毒感染监测分析（论文参考文献）
- [1]2019—2020年菏泽市<15岁儿童急性弛缓性麻痹病例监测工作评价[J]. 王艳华,王正娥,张复臣,马敬仓,徐凌忠. 医学动物防制, 2022(03)
- [2]2009-2018年中国大陆地区埃可病毒6型流行病学及基因特征分析[D]. 程文隽. 安徽理工大学, 2021(02)
- [3]疫苗转换后福建省脊髓灰质炎病毒流行株变化及特征分析[D]. 庄雅红. 福建医科大学, 2021(02)
- [4]脊髓灰质炎疫苗免疫策略转换前后肠道病毒的本地循环和遗传进化[D]. 赵晨旭. 山东大学, 2021(12)
- [5]福建省脊髓灰质炎疫苗转换前后AFP病例病原学监测结果分析[J]. 郑凝旋,陈致飞,张苏晗,李东,张海荣,杨秀惠,潘伟毅,周勇. 病毒学报, 2021(04)
- [6]2007-2018年云南省急性弛缓性麻痹病例肠道病毒A71型基因特征[J]. 汤晶晶,李江嵘,李凯,张杰,樊帆,丁峥嵘. 中国疫苗和免疫, 2020(05)
- [7]重庆市2013-2018年急性弛缓性麻痹病例流行病学分析[J]. 彭靖尧,赵华,黄为,凌华,张敏,谢武娟. 检验医学与临床, 2020(17)
- [8]新生儿感染埃可病毒11型临床、基因特征及分子检测方法[D]. 袁颖. 南方医科大学, 2020
- [9]1例脊髓灰质炎疫苗联合序贯免疫偶合急性弛缓性麻痹的调查[J]. 沙娜,王文祥,马敬仓,刘景顺,徐凌忠. 医学动物防制, 2020(05)
- [10]江西省2013-2017年急性弛缓性麻痹病例相关肠道病毒感染监测分析[J]. 刘晓庆,李健雄,刘师文,肖芳,施勇,熊英. 实验与检验医学, 2020(01)