一、正常微生物群与肿瘤(论文文献综述)
唐杰,何京,张金艳[1](2021)在《女性生殖系统肿瘤患者的微生物群在肿瘤中的作用的研究进展》文中指出女性生殖系统肿瘤危害着女性患者的生命,检出患有妇科肿瘤的患者生殖道微生物群可更好地了解妇科肿瘤的诱因,与传统手段相比,二代测序技术(NGS)能更有效地检出患者微生物群。文章主要就女性生殖系统微生物群与女性生殖系统肿瘤(主要为宫颈癌和卵巢癌)及其危险因素(如宫颈癌危险病原体HPV)的关系研究进展进行综述。
李丹[2](2021)在《胆总管结石与胆管癌患者胆道菌群对比研究》文中进行了进一步梳理目的:通过高通量16s rDNA测序比较胆总管结石(CBDS)与胆管癌(CCA)患者胆汁中微生物群落的结构、成分及其核心生物群的特征,探讨微生物在胆总管结石与肿瘤发病机制中的作用,同时寻找更有效的鉴别手段及防治方法。方法:1.收集延安大学附属医院2019年12月-2020年12月诊断为胆总管结石或者胆管癌患者,符合纳入标准患者分为胆总管结石组(C组)、胆管癌组(D组),胆总管结石组在标准内镜下逆行胰胆管造影术(ERCP)中通过无菌导管收集胆汁样品,然后立即放入标准保存液(Effc Gut)中进行保存;胆管癌患者通过经皮肝穿胆道引流术(PTCD)引流管中抽取胆汁,然后立即放入标准保存液(Effc Gut)中保存;2.通过16S rDNA扩增胆汁微生物的V4区,应用Illumina高通量平台测序并对所得微生物进行生物信息分析;3.分析胆道菌群的特征并比较胆总管结石与肿瘤患者胆道菌群中有差异的物种;4.使用SPSS22.0统计分析软件数据分析,计量资料若符合正态分布,则采用均数±标准差表示;组间比较采用t检验;计数资料采用χ2检验;计数资料若不符合正态分布,则用中位数(P25,P75)表示,采用两独立样本比较的秩和检验;P<0.05为差异有统计学意义。结果:本研究纳入研究对象共25例,胆管癌组6例,胆总管结石组有19例。对所有患者资料进行分析,结果示:1.患者一般资料无统计学意义(P>0.05);实验室资料中TBIL、DBIL、IBIL、CA199、铁蛋白差异均有统计学意义(P<0.05);2.胆道菌群具有丰富的微生物群落,且具有个体异质性,两组在门水平丰度较高的有:厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门、放线菌门、梭杆菌门;3.胆总管结石与胆管癌患者微生物群落的丰富度、多样性以及均匀度均无统计学意义(P>0.05);4.胆总管结石组与胆管癌组在菌群结构及物种组成方面均有显着差异,在门水平上胆总管结石的厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门丰度比胆管癌高,而胆管癌中变形菌门、蓝藻菌门丰度高;5.两组通过物种差异分析发现胆总管结石与胆管癌特征群落有差异,胆总管结石组特征菌群为:放线菌科、放线菌目、红蝽菌目、红蝽菌属、肠球菌科、链球菌科、乳杆菌目、杆菌纲;胆管癌组差异菌群为:鱼孢菌科、弗兰克氏菌目、伯克氏菌科、β变形杆菌目;6.两组在代谢途径上微生物群落功能基因的差异显着,胆管癌组功能基因丰度明显高于胆总管结石组。结论:1.胆道具有高度丰富的微生物菌落,且个体间具有异质性;2.胆道微生物群落与口腔、十二指肠相似;3.胆总管结石与胆管癌菌群的结构、组成、特征菌群、功能基因均有所不同,提示胆道菌群变化可能为不同胆道疾病的致病因素。
李兆东[3](2021)在《万通筋骨片对类风湿关节炎的抗炎机制研究及16S rDNA高通量测序和代谢组学分析》文中进行了进一步梳理类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)是一种慢性自身免疫性疾病,具有致残率高,治疗周期长,预后差和易复发等特点,常给患者家属和社会带来沉重负担。成纤维样滑膜细胞(rheumatoid arthritis-fibroblast-like synoviocytes,RAFLSs)是关节滑膜组织的重要组成细胞,其过度增殖可促进免疫细胞释放大量促炎因子,从而引发炎症反应,加剧RA病理进程。此外,关节腔内募集的促炎因子也会进一步激活RA-FLSs细胞。因此,抑制RA-FLSs细胞增殖或降低关节内促炎因子水平是治疗RA的一种有效手段。当前,药物治疗仍是RA的主要治疗方式,但由于化学合成药物的治疗不仅费用昂贵,且常伴有副作用,因此人们正积极寻找安全、有效和廉价的药物来治疗RA。近年来,中药以其具有的显着疗效和较少的副作用,在治疗RA方面已受到越来越多的关注。此外,中药可通过多成分、多途径、多靶点的方式参与RA的治疗过程。万通筋骨片是由25味中药组成的复方药,具有“祛风散寒、通络止痛”的功效,主要用于风湿和类风湿性关节炎等骨性疾病。由于其作用机理不明确,从而限制了它在国内外的推广和使用。因此,系统研究万通筋骨片在治疗RA中的作用和机制十分必要。首先,基于胶原诱导性关节炎(collagen-induced rheumatoid arthritis,CIA)大鼠模型,我们研究万通筋骨片对RA的抗炎作用;其次,基于RA-FLSs细胞的生物学活性,我们研究万通筋骨片对RA的抗炎机制;随后,在万通筋骨片抗炎作用的基础上,我们利用高通量测序技术继续挖掘万通筋骨片的抗炎基因靶点;最后,我们利用16S rDNA高通量测序和代谢组学分析研究万通筋骨片对肠道菌群和血清代谢物谱的影响,拟挖掘参与万通筋骨片抗炎作用的靶点微生物群和靶点代谢物。因此,本研究不仅为万通筋骨片在临床上治疗RA提供了实验依据,促进了其推广和应用,而且也为中药治疗RA的机制研究建立了新的思路。第一部分万通筋骨片对类风湿关节炎的抗炎作用首先,为了确定万通筋骨片的安全给药浓度,我们进行了急性毒性实验,血常规检测和肝脾肾功能分析。其次,为了评估CIA大鼠模型的构建效果,我们检测了大鼠的足趾肿胀度,关节内TNF-α、IL-1β和IL-6等促炎因子水平,关节的病理结构变化,以及滑膜组织中FLSs特异性标志蛋白(Vimentin)的表达水平。最后,为了研究万通筋骨片对RA的抗炎作用,我们连续灌胃给药14天和28天后,检测了CIA大鼠足趾肿胀度,炎性关节病理结构变化,以及关节腔和关节组织中TNF-α、IL-1β和IL-6等促炎因子水平。结果显示:万通筋骨片给药的安全有效浓度可设为150、300和600 mg/kg;CIA大鼠成模率>99.00%。当连续治疗14天时,各组CIA大鼠足趾肿胀度没有明显变化;当连续治疗28天时,300和600 mg/kg组的CIA大鼠足趾肿胀度明显降低。组织病理切片显示,连续给药14天和28天时,各组CIA大鼠的关节病理结构发生不同程度的改善,尤以600 mg/kg连续给药28天的治疗组CIA大鼠,病理结构改善效果最佳。关节腔内促炎因子的水平变化结果显示,在连续给药14天和28天时,各给药浓度均表现出不同程度的抗炎作用,尤以600 mg/kg连续给药28天的抗炎效果最佳。关节组织中促炎因子的水平变化结果显示,连续给药14天时,TNF-α和IL-1β促炎因子水平显着降低;连续给药28天时,TNF-α,IL-1β和IL-6促炎因子水平明显下调。这些结果说明,万通筋骨片对RA具有抗炎作用,且呈现一定的时间依赖性和浓度依赖性。第二部分万通筋骨片在类风湿关节炎中的抗炎机制基于万通筋骨片的抗炎作用,本研究在细胞水平和动物水平继续研究万通筋骨片的抗炎机制。首先,为了确定万通筋骨片对RA-FLSs细胞增殖的影响,我们观察了RA-FLSs细胞形态变化,并应用乳酸脱氢酶活性测定,Ed U核酸标记以及免疫组化等实验技术检测RA-FLSs细胞数目变化和滑膜组织中Vimentin蛋白表达情况。其次,我们利用蛋白免疫印迹,免疫荧光和免疫组化等技术检测了MEK、p MEK、ERK1/2和p ERK1/2蛋白在RA-FLSs细胞及CIA大鼠滑膜组织中的表达水平。同时,我们还利用ERK1/2质粒转染等相关实验,进一步验证MEK/ERK信号通路在万通筋骨片抗炎过程的作用。最后,为了研究万通筋骨片是否通过诱导滑膜细胞凋亡的方式参与抗炎作用,我们检测了RA-FLSs细胞中caspase-3/9蛋白酶活性,cleaved-caspase-3和cleaved-PARP的蛋白表达水平,以及CIA大鼠滑膜组织中Bax,Bcl-2,caspase-3和cleaved-caspase-3蛋白表达水平。结果显示:药物处理24 h和48 h后,各组RA-FLSs细胞形态均发生改变,尤以3 mg/ml和4 mg/ml药物浓度处理48 h,细胞形态变化较为明显。药物处理24 h后,各组RA-FLSs细胞数目无明显变化;药物处理48 h后,2 mg/ml、3mg/ml、4 mg/ml给药浓度可以显着抑制RA-FLSs细胞增殖。经药物处理24 h和48 h后,MEK,p MEK,ERK1/2和p ERK1/2蛋白在RA-FLSs细胞中均呈现不同程度的降低趋势,尤以3 mg/ml和4 mg/ml药物浓度处理48 h,各蛋白表达差异最为明显。同时,过表达ERK1/2显着提升RA-FLSs细胞的增殖能力,而过表达ERK1/2的RA-FLSs细胞经3 mg/ml药物浓度处理后,细胞增值能力显着下降。同时,万通筋骨片可以下调MEK,p MEK,ERK1/2和p ERK1/2蛋白在滑膜组织中的表达。此外,药物处理24 h后,4 mg/ml药物浓度显着提高RA-FLSs细胞中caspase-3/9蛋白酶活性;药物处理48 h后,3 mg/ml和4 mg/ml明显上调caspase-3/9蛋白酶活性。我们还发现,药物处理24 h和48 h后,3 mg/ml和4mg/ml药物浓度显着上调cleaved-caspase-3蛋白表达,2 mg/ml、3 mg/ml、4 mg/ml药物浓度显着上调cleaved-PARP蛋白表达。同时,万通筋骨片可以上调滑膜组织中Bax和cleaved-caspase-3蛋白表达以及下调Bcl-2和caspase-3蛋白表达。这些结果表明,万通筋骨片通过抑制RA-FLSs细胞增殖及诱导RA-FLSs细胞凋亡参与抗炎过程。第三部分基于RNA高通量测序挖掘万通筋骨片在类风湿关节炎中的抗炎靶点基于万通筋骨片对RA-FLSs细胞的影响,本研究针对药物处理后的RA-FLSs细胞进行RNA高通量测序分析。为了更加全面、准确的获得抗炎靶点,我们采用两种不同的分析方法进行筛选,即DESeq2差异分析以及STEM时间序列和WGCNA权重共表达联合分析。DESeq2差异分析:通过DESeq2差异分析,拟筛选不同组别间的差异基因;针对这些差异基因,我们随后进行功能富集过滤和蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)网络分析,并根据PPI网络中节点连接度筛选备用核心基因。STEM时间序列和WGCNA权重共表达联合分析:基于药物处理组和未处理组之间的差异基因,我们拟筛选与时间序列具有相同表达趋势的基因。针对这些基因,我们进一步筛选具有相同表达模式的差异基因。随后通过功能富集过滤,权重共表达网络分析,PPI网络分析,以及节点连接度来筛选备用核心基因。最后,我们利用实时荧光定量PCR和蛋白免疫印迹验证备用核心基因的表达模式,以便获得理想的抗炎靶点。结果显示:通过DESeq2差异分析,在不同比较组间,我们共获得184个差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),且这些基因与细胞周期和同源重组等代谢通路密切相关。同时,基于PPI蛋白网络,我们共筛选出4个备选核心基因,即BRCA1,ATR,SMC3和BUB1。通过STEM时间序列和WGCNA权重共表达联合分析,我们共获得111个具有相同表达趋势和表达模式的DEGs,且这些基因显着富集于细胞周期和RNA转运等代谢通路。同时,基于WGCNA和PPI网络,我们共筛选出6个备选核心基因,即PNN,SMC3,EIF3A,BUB1,ATR和ORC4。此外,TTK,STAG2和THOC1也与细胞周期密切相关,因此TTK,STAG2和THOC1也作为备选核心基因。至此,共获得10个备选核心基因,即:BRCA1、ORC4、TTK、BUB1、SMC3、ATR、PNN、EIF3A、STAG2和THOC1。基因和蛋白验证结果显示,只有SMC3和BUB1的表达模式与测序结果一致。这些结果表明,SMC3和BUB1可能是万通筋骨片在RA中的抗炎靶点。第四部分基于16S高通量测序和代谢组学联合分析挖掘万通筋骨片在类风湿关节炎中的抗炎靶点基于万通筋骨片对CIA大鼠的抗炎作用,本研究针对CIA大鼠粪便样本和血清样本,分别进行16S高通量测序分析和代谢组学分析,拟挖掘万通筋骨片抗炎作用的肠道菌群靶点和代谢物靶点。16S高通量测序分析:基于操作单元聚类和物种多样性分析,我们拟研究万通筋骨片对肠道菌群结构的影响;基于肠道菌群差异分析,我们拟筛选相对丰度较高的差异菌群。代谢组学分析:基于样本相关性和多元统计分析,我们拟研究万通筋骨片对血清代谢物谱的影响;基于差异代谢物筛选,功能富集过滤和差异代谢物表达分析,我们拟筛选理想的差异代谢物。16S高通量测序与代谢组学联合分析:基于top10差异肠道菌属和top20差异代谢物,我们进行联合分析,拟研究肠道微生物群与血清代谢物的关系,并验证或筛选肠道菌群靶点和代谢物靶点。结果显示:通过16S高通量测序分析,我们发现万通筋骨片可以明显改变CIA大鼠的肠道菌群结构。在门水平上,拟杆菌、软壁菌和脱铁杆菌的菌群相对丰度得到显着改善。此外,拟杆菌与厚壁菌的菌群相对丰度比值(Bacteroidetes/Firmicutes)也恢复到正常水平。在属水平上,弧菌、巨型球菌和漫游球菌的菌群相对丰度下调至正常水平。通过代谢组学分析,我们发现万通筋骨片可以明显改变CIA大鼠的血清代谢物谱。其中,血清素、二硫化谷胱甘肽、N-乙酰神经氨酸、萘和血栓素B2等5种代谢物均有标准化的趋势,但不具有统计学差异。通过16S高通量测序与代谢组学联合分析,我们发现,弧菌、巨型球菌和漫游球菌都存在于top10差异肠道菌群范围内,且与这3种微生物群存在显着联系的代谢物包括5种。此外,考虑到代谢物鉴定过程中的假阳性,我们认为:在这5种代谢物中,只有微管素B是内源性代谢物。这些结果表明,万通筋骨片可能通过调节肠道菌群结构和血清代谢物谱发挥抗炎作用,且弧菌、巨型球菌和漫游球菌可能是万通筋骨片的抗炎靶点菌群;微管素B可能是万通筋骨片的抗炎靶点代谢物。
谭雅彬[4](2021)在《中药治疗大肠癌术后脾肾阳虚证患者疗效及对肠道菌群影响的研究》文中研究说明研究背景及目的大肠癌(Colorectal Cancer,CRC)是临床上常见的消化道恶性肿瘤,它的发病率和死亡率在恶性肿瘤病例中一直都居高不下。临床上治疗CRC以外科手术为主要方法之一,辅以化疗、放疗和中医药治疗等,其中手术最为广泛且疗效更确切。近年来越来越多的研究报道肠道微生物与CRC之间存在着密切的关联,手术治疗也会明显改变患者的肠道微生态,术后出现的一系列并发症也与肠道菌群的结构改变有关。中医药治疗往往能减轻患者术后相关临床症状,改善生活质量,具有良好的疗效。且近来研究发现中医药与肠道菌群之间也存在着密切的联系。经过临床观察以及文献研究发现临床上不少CRC术后患者中医辨证属于脾肾阳虚证,采用中药干预后临床效果突出。本研究拟探讨中药干预CRC术后脾肾阳虚证患者的相关症状变化情况,以及采用第二代高通量测序技术对患者中药干预前后的肠道菌群结构进行分析,并与正常健康人群的肠道菌群结构作比较,以期找到CRC术后脾肾阳虚证患者肠道菌群的变化,证明中药干预在改善患者相关症状的同时能够改善CRC术后脾肾阳虚证患者的肠道微生态,进一步说明中药干预的疗效与肠道微生态之间具有相关性。并尝试找出肠道菌群中与CRC治疗有关的有益菌、有害菌和关键菌,从而为中医药抗肿瘤的研究提供新证据、新方法。研究方法本研究共纳入2018年1月至2020年12月于北京中医药大学东方医院门诊及住院治疗的CRC术后脾肾阳虚证患者共40例,采用前瞻性自身前后对照试验,使用中药制剂持续干预2周,对患者中药干预前后的相关症状和体征通过症状积分法进行评价,分析中药干预对CRC术后脾肾阳虚证患者的疗效。对40名患者用药前后以及10名正常健康人共90份粪便标本进行采集,然后使用16S rDNA测序技术分别检测出健康正常志愿者(作为研究基线)、CRC术后脾肾阳虚证患者以及中药干预后的CRC术后脾肾阳虚证患者的肠道菌群信息,然后进行一系列深入的群落结构的统计学及可视化分析比较三组样本肠道菌群结构的变化,得到CRC术后脾肾阳虚证患者肠道菌群的特殊变化,证明中药干预CRC术后脾肾阳虚证患者的疗效及与肠道菌群的关系,并尝试找出肠道菌群中与CRC治疗有关的有益菌、有害菌及关键菌。研究结果1.40名CRC术后脾肾阳虚证患者中药干预后评价为痊愈者2名,显效者16名,有效者22名,无效者0名,中医症状改善的有效率为100%。其中中药干预前中医症状总积分为13.65±2.65,中药干预1周后为9.00±2.15,中药干预2周后为4.58±2.29。三个时间点互相两两比较,差异均有统计学意义(P<0.05)。说明采用中药干预CRC术后脾肾阳虚证患者后的相关症状获得了明显的改善。2.OTU分类鉴定结果显示中药干预前后CRC术后脾肾阳虚证患者的肠道菌群的结构具有一定的相似性,但也存在一定的差异性,中药干预在改善患者相关症状的同时使患者的肠道微生物多样性增加,具有比干预前有更多样的肠道微生物。3.Alpha多样性分析结果显示正常健康人的肠道微生物群落的丰富度和多样性均高于CRC术后脾肾阳虚证患者,而中药干预使CRC术后脾肾阳虚证患者的肠道微生物群落的丰富度和多样性较用药前有一定程度的升高,使之接近于正常健康人群。4.Beta多样性分析结果显示CRC术后脾肾阳虚证患者的肠道菌群与正常健康人相比存在显着差异,处于失调状态,而中药干预使患者的肠道菌群微生态得到改善,且中药干预后患者的肠道菌群组内差异性变小,说明中药干预CRC术后患者能改善其肠道微生态。5.CRC术后脾肾阳虚证患者的肠道菌群组成和相对丰度与正常健康者相比无显着(P<0.05)减少物种,CRC术后脾肾阳虚证患者的肠道菌群组成和相对丰度与正常健康者相比存在显着增高(P<0.05)的物种,尤其是克雷伯氏菌属(gKlebsiella)、埃希氏菌属(gEscherichia)、gLachnoclostridium菌。可见CRC术后脾肾阳虚证患者肠道菌群失调的主要问题是共生菌和致病菌失衡,条件致病菌异常增多,这与CRC术后脾肾阳虚患者出现的相关症状具有相关性。6.中药干预前后CRC术后脾肾阳虚证患者的肠道菌群的结构在门、纲、目、科、属水平上均发生了改变,CRC术后脾肾阳虚证患者中药干预后组成和相对丰度存在显着减少(P<0.05)的物种,尤其是gLachnoclostridium、埃希氏菌属(gEscherichia)、克雷伯氏菌属(gKlebsiella)、肠球菌属(gEnterococcus)。CRC术后脾肾阳虚证患者中药干预后组成和相对丰度显着增多(P<0.05)的物种普雷沃氏菌科(fPrevotellaceae),尤其是 gPrevotella9、柔嫩梭菌属(gFaecalibacterium)、罗姆布茨菌(gRombotusia)。中药干预能抑制CRC术后脾肾阳虚证患者肠道微生物中条件致病菌的生长,促进有益菌的生长,这与中药干预改善了 CRC术后脾肾阳虚证患者的相关症状具有相关性。7.本研究通过组成及丰度检测发现在不同组别存在某些特定菌,这些物种可以作为监测不同治疗阶段的疾病活动性和治疗反应性的指标。CRC术后脾肾阳虚证患者组区别于别组的特定菌为乳杆菌目(oLactobacillales)、克雷伯氏菌属(gKlebsiella)、gRuminococcusgnavusgroup,中药干预后组为:罗姆布茨菌(gRombotusia)、gAnaerostipes,中药干预前组为乳杆菌目(oLactobacillales)、克雷伯氏菌属(gKlebsiella)、gRuminococcusgnavusgroup,正常健康组为巨单胞菌属(gMegamonas)、柔嫩梭菌属(gFaecalibacterium)、gSubdoligranulum、gEnorma、gRoseburia、gAlistipes、萨特氏菌属(gSutterella)、gRuminococcaceaeUCG002。8.在人体肠道微生物所有样本绝对丰度前20的属水平范围内,本研究发现不存在相互拮抗的菌群,而gPrevotella9和巨单胞菌属(gMegamonas)之间均存在相互协同作用。研究结论本研究证实了CRC术后脾肾阳虚证患者的肠道菌群结构与正常健康人相比处于失调状态,CRC术后脾肾阳虚证患者肠道菌群失调的主要问题是共生菌和致病菌失衡,致病菌异常增多,这与CRC术后脾肾阳虚患者出现的相关症状具有相关性。中药干预可以改善术后患者相关症状,改善患者生活质量。同时还发现中药干预能够能抑制有害菌的生长,促进有益菌的生长,主要使普雷沃氏菌科(fPrevotellaceae)的相对丰富度增加,而肠杆菌科(fenterobacteriaceae)、肠球菌科(fEnterococcaceae)的相对丰富度减少,改善了 CRC术后脾肾阳虚证患者的肠道微生态,使肠道微生物群落的丰富程度和多样性增加,有助于CRC术后患者肠道菌群结构恢复正常健康状态,这与中药干预改善了 CRC术后脾肾阳虚证患者的相关症状具有相关性。并且CRC术后脾肾阳虚证中药干预前后的患者和正常健康者的肠道菌群均有其特定的关键菌。中药干预改善CRC术后脾肾阳虚证患者相关症状的作用机制与其改善患者的肠道微生态有关。
元力[5](2021)在《弥漫大B细胞淋巴瘤患者肠道菌群多样性及演替的研究》文中进行了进一步梳理背景:弥漫大B细胞淋巴瘤(Diffuse large B-cell lymphoma,DLBCL)是成人非霍奇金淋巴瘤中最常见的类型。由于DLBCL在发病机制上尚有许多未解决的问题,DLBCL的临床治疗仍面临巨大的挑战。人体肠道微生物群落基因组是人类的第二基因组,必然会与人体发生相互作用,肠道菌群是肿瘤的微环境中重要的组成部分,是血液肿瘤发生和发展中不可忽视的重要因素。DLBCL患者的肠道菌群,从健康状态的菌群结构组成,转为未治疗疾病状态下菌群结构组成,通过化疗,再转为治疗后状态下菌群的结构组成,呈现出DLBCL患者肠道菌群的病理性演替。目前,淋巴瘤与肠道菌群相关的研究较少,而DLBCL患者肠道菌群的相关研究尚无报道。本课题是研究DLBCL患者肠道菌群的组成和演替,分两部分进行,第一部分纳入DLBCL患者25例,正常志愿者26例,无人为干预,均采集粪便1次,进行菌群多样性对照研究;第二部分纳入DLBCL患者17例,正常志愿者18例,对DLBCL患者进行4程化疗,采集正常志愿者粪便1次,DLBCL患者2次,化疗前后各1次,进行菌群多样性对照研究。目的:探索肠道菌群与DLBCL的关系,DLBCL患者肠道菌群与正常志愿者有无显着性差异,DLBCL患者肠道菌群是否发生了演替,是否存在核心菌群或优势菌群,为相关DLBCL肠道菌群进一步研究提供理论基线。探索在化疗干预后,DLBCL患者完全缓解状态下,肠道菌群是否变化,是否发生肠道菌群演替,是否存在核心菌群或优势菌群,为DLBCL新药的研制和创建DLBCL新的治疗方法提供理论依据。方法:第一部分,纳入的DLBCL患者25例和正常志愿者26例分为未治疗患者组和正常对照组,第二部分,纳入的DLBCL患者17例和正常志愿者18例分为治疗前患者组和正常对照组,根据4程化疗干预,以及治疗效果,17例DLBCL患者分为治疗后患者组、完全缓解组和非完全缓解组等。用16s rRNA检测方法对采集的粪便标本进行检测,α多样性分析和β多样性分析。结果:第一部分结果,β多样性分析,未治疗患者与正常对照存在显着性差异,有统计学意义,在门、纲、目、科、属、种6个水平,显示出连续的生物进化关系,表现 为 P-Proteobacteria(变形菌门),C-Gammaproteobacteria,O-enterobacteriales,F-Enterobacteriaceae,G-Escherichia-Shigella,S-Escherichia coli,其丰度在未治疗患者明显高于正常对照。PICRUSt预测宏基因组功能,Thiamine metabolism,Phenylalanine,tyrosine and tryptophan biosynthesis 代谢功能,未治疗患者明显低于正常对照。第二部分结果,β多样性分析,P-Proteobacteria,C-Gammaproteobacteria,O-enterobacteriales,F-Enterobacteriaceae,G-Escherichia-Shigella,S-Escherichia coli 丰度在治疗后患者明显低于治疗前患者,但与正常对照无明显差异。在4程化疗后,F-Lactobacillaceae,G-Lactobacillus、S-Lactobacillusfermentum(发酵乳酸菌)的丰度在完全缓解患者明显高于未完全缓解患者。P-Fusobacteria(梭杆菌门),C-Fusobacteriia,O-Fusobacteriales,F-Fusobacteriaceae,G-Fusobacterium 的丰度在治疗后患者明显低于治疗前患者和正常对照。结论:DLBCL患者肠道菌群结构发生了明显的变化,Proteobacteria门是DLBCL患者肠道优势菌群或核心菌群,Proteobacteria门可能在DLBCL发生机制中起作用。在4程化疗干预后,DLBCL患者肠道菌群结构发生了显着变化,在治疗后患者肠道菌群,Proteobacteria门不再是优势菌群,完全缓解患者肠道菌群Lactobacillusfermentum 呈现优势,Lactobacillus fermentum 是完全缓解DLBCL患者肠道优势菌群,与淋巴肿瘤变化相关,是化疗干预和肿瘤消亡引起的肠道菌群演替。在治疗后患者肠道菌群Lactobacillus fermentum的变化可以排除药物直接作用,与肿瘤的变化相关;Fusobacteria门丰度的几乎消失,可能是药物的直接作用所致,与肿瘤变化不相关;而Proteobacteria门的变化有很大可能与药物直接作用不相关,可进一步研究证实。Lactobacillusfermentum可能对DLBCL有抑制作用。
吴震峰[6](2021)在《基于高通量测序的胃癌患者舌苔及胃黏膜菌群研究》文中指出研究背景:幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,HP)感染与胃癌(Gastric cancer,GC)的发生密切相关。最新研究提示除HP以外的其他胃部菌群也可能参与了 GC的发生发展。口腔是消化道的入口,也是胃部菌群的主要来源。作为GC微环境的一部分,探索了解GC患者胃黏膜菌群的结构特点及其与口腔菌群的相关性,将拓宽我们对GC发生的理解,旨在为GC的早期诊断、预防及临床治疗提供新思路。第一部分:GC与浅表性胃炎(Superficial gastritis,SG)患者的胃黏膜菌群结构差异分析目的:探究GC患者胃黏膜菌群的结构特点及功能变化。方法:收集初诊GC患者(n=18)与SG患者对照组(n=32)的胃黏膜样本,对其中细菌的16S rDNAV3-V4进行提取、测序,OTU聚类后对比在线数据库Silva(SSU132)进行物种注释,分析两组样本的差异菌属并行菌群的功能差异分析。同时应用16S rDNA探针荧光原位杂交方法定位分析两组样本的菌群在黏膜中的定植分布差异。结果:与SG患者相比,α多样性分析提示GC患者胃黏膜菌群的丰度及多样性均下降;β多样性的PCoA主坐标分析及ANOSIM分析提示两组样本菌群的构成差异显着;但GC患者癌与癌旁正常组织的黏膜菌群的丰度、多样性及菌群结构均无显着性差异。进而通过LEfSe差异分析比较两组样本菌群属水平的组成差异,结果显示螺杆菌属(Helicobacter spp.)、乳杆菌属(Lactobacillus spp.)等6个菌属在胃癌组中丰度显着增加;而放线菌属(Actinomyces spp.)、奈瑟菌属(Neisseria spp.)及普雷沃氏菌属(Prevotella spp.)等18个菌属在胃癌组中丰度明显下降。基于这些差异菌属,计算每个样本的微生物失衡指数(microbial dysbiosis index,MDI),结果显示GC组的MDI值显着高于SG组,且ROC曲线分析显示MDI值具有很好的区别GC与SG的效力。进一步行相关性分析显示MDI值与菌群的多样性(香农指数)呈负相关,而与螺杆菌属的丰度呈正相关。接下来利用KEGG预测菌群功能,通过LEfSe差异分析显示两组间共有37种菌群的代谢通路存在显着性差异,这些差异代谢通路主要涉及糖类、氨基酸、脂质及核苷酸的代谢,特别是与致癌因子亚硝酸盐产生有关的硝酸盐还原功能在GC组中明显增强,以及与细菌脂多糖(lipopolysaccharide,LPS)合成相关的代谢通路也在GC组中富集。16S rDNA探针荧光原位杂交分析提示胃黏膜的细菌主要呈单个散在或聚集成团的定植于黏膜上皮层及黏膜固有层中。GC患者癌黏膜固有层中细菌的平均光密度(average optical density,AOD)明显高于癌旁正常组织及SG;而黏膜上皮层及黏膜固有层中细菌的AOD在癌旁正常组织与SG之间均有显着性差异,且黏膜固有层中细菌的AOD与黏膜上皮层中的AOD呈正相关。结论:GC患者胃黏膜菌群的丰度及多样性均显着下降。癌组织与癌旁正常组织的菌群结构均呈菌群失衡状态,且菌群结构在两者之间无显着性差异。螺杆菌属的丰度差异是引起GC患者胃黏膜菌群失衡的主要原因。此外,GC患者胃黏膜菌群在黏膜中定植的深度更深,且细菌密度大。菌群的功能预测方面与浅表性胃炎相比,GC组的菌群功能差异代谢通路涉及糖类、氨基酸、脂质及核苷酸的代谢,特别是与硝酸盐还原功能及LPS合成相关的代谢通路在GC组中显着富集。第二部分:口腔菌群在胃黏膜中的异位定植及其对胃黏膜菌群结构的影响目的:探究影响口腔菌群在胃黏膜中定植的因素及异位定植的核心口腔菌群对胃黏膜菌群结构的影响。方法:收集初诊GC患者(n=11)与SG对照组患者(n=27)配对的舌苔与胃黏膜样本,对其中细菌的16S rDNA V3-V4进行提取、测序,OTU聚类后对比在线数据库Silva(SSU132)进行物种注释。分析配对的舌苔与胃黏膜之间共现OTUs在GC与SG组中的差异。结果:α多样性及PCoA主坐标分析显示舌苔菌群的丰度、多样性及菌群结构在GC组与SG组之间无显着性差异,且与HP感染状态亦无显着相关性。Jaccard相似性分析显示舌苔与胃黏膜的菌群结构差异显着,但两者之间仍有较多共现的OTUs,且共现OUTs的数量在GC组与SG组之间有显着性差异。进而我们通过LEfSe分析寻找舌苔与胃黏膜之间有显着差异的菌属,其中丰度最高的15个差异菌属(核心口腔菌群)中有6个在胃黏膜中丰度升高,9个在胃黏膜中丰度下降。相关性分析提示核心口腔菌群的丰度在胃黏膜与舌苔之间无显着的相关性,而HP感染对共现OTUs的数量及核心口腔菌群在胃黏膜中的丰度有显着影响。此外,冗余分析(redundancy analysis,RDA)显示异位定植的核心口腔菌群是影响胃黏膜菌群结构的重要因素。结论:口腔与胃黏膜的菌群结构显着不同。胃黏膜中异位定植的口腔菌群在GC组与SG组之间有显着差异。HP感染是影响口腔菌群在胃黏膜中异位定植的重要因素,而异位定植的核心口腔菌群对胃黏膜菌群的结构有显着影响。口腔菌群异位定植可能是HP引起胃黏膜菌群失衡的关键驱动因素,这将为HP相关性胃癌发生的微生物机制提供了新的见解。
郭治辰[7](2021)在《肿瘤微环境中牙龈卟啉单胞菌通过活化CXCL2/CXCR2轴促进口腔鳞癌进展的机制研究》文中指出目的:口腔鳞状细胞癌(Oral Squamous Cell Carcinoma,OSCC)好发于头颈部,是较常见的恶性肿瘤。牙龈卟啉单胞菌(Porphyromonas gingivalis,P.gingivalis)在口腔微生物群中作用关键,能够促进形成有利于OSCC发生发展的肿瘤微环境(Tumor micro-environment,TME)。目前,大量研究表明在OSCC的TME中,P.gingivalis对促进肿瘤细胞增殖分化和侵袭转移等过程中扮演重要角色,本研究旨在探讨P.gingivalis在OSCC的TME中通过活化CXCL2/CXCR2轴促进OSCC进展相关机制。方法:第一部分,1.回顾性研究新疆医科大学附属口腔医院颌面肿瘤外科收治的OSCC患者的病例及组织标本,严格随访,共计205例。按照赫尔辛基宣言关于人类组织标本的使用条例进行免疫组织化学染色。经新疆医科大学第一附属医院伦理委员会批准,患者完全知情同意并签署知情同意书后实施。收集20例OSCC患者的手术组织标本(所有患者术前均未接受放化疗),并留取相应非肿瘤口腔组织标本(设定为对照组),利用免疫组织化学技术检测OSCC患者组织标本中P.gingivalis的表达水平并比较其与非肿瘤口腔组织标本表达水平的差异。2.利用生物信息学分析,通过GEO数据库下载GSE87539和GSE138206表达谱基因数据库,根据平台注释信息将探针转化为相应的基因符号。GSE87539数据集共包含6组样本,实验组为P.gingivalis感染正常牙龈上皮细胞样本;对照组为单独正常牙龈上皮细胞样本,每组3个样,共6个样本。GSE138206数据集共包含12组样本,实验组为OSCC组织样本;对照组为正常口腔组织样本,每组6个样,共12个样本。免疫组织化学分别检测OSCC患者组织标本中CXCL2和TANs的表达水平,组间比较采用t检验和方差分析,相关性分析采用Pearson相关性分析。分析三者表达水平与临床指标之间的相关性以及对预后的影响。3.明确OSCC组织中P.gingivalis、CXCL2和TANs的免疫表达位置关系。第二部分,1.体外培养TSCCA口腔鳞癌细胞株及P.gingivalis菌株(ATCC33277),OSCC患者外周血分离TANs,以MOI=50(细菌/细胞)建立共培养模型,在共培养模型基础上构建TME细胞模型。2.利用Elisa检测TSCCA、TSCCA+TANs、TSCCA+P.gingivalis和TSCCA+P.gingivalis+TANs各组上清液中CXCL2的含量。3.通过趋化实验检测TSCCA、P.gingivalis和TSCCA+P.gingivalis各组上清液对TANs趋化能力的差异。4.检测TSCCA、TSCCA+P.gingivalis、TSCCA+TANs和TSCCA+P.gingivalis+TANs各组中TSCCA细胞生物学行为的变化。5.加入CXCL2/CXCR2信号轴抑制剂SCH527123,比较TSCCA+P.gingivalis+TANs+SCH527123组与TSCCA+P.gingivalis+TANs组中TSCCA高侵袭的细胞生物学行为能力是否回复。6.体外培养SCC7鼠源性鳞癌细胞株,建立共培养模型,使用C57BL/6小鼠建立肿瘤动物模型,使用不同浓度SCH527123进行干预,将实验分为:对照组(SCC7)、低剂量干预组(SCC7+P.gingivalis+0.05n M SCH527123)、高剂量干预组(SCC7+P.gingivalis+0.20n M SCH527123)和实验组(SCC7+P.gingivalis),并通过体积计算、免疫组化和免疫荧光检测小鼠肿瘤模型的变化。第三部分,1.利用q RT-PCR和Western Blot分别在m RNA和蛋白水平检测在TME细胞模型中,EMT表型获取及所调控通路。2.构建CXCL2和CXCR2的sh RNA慢病毒载体,转染至共培养模型,检测敲低效率。3.使用阳性细胞株构建共培养模型和TME细胞模型,检测TME细胞模型中EMT表型及所调控通路的改变。结果:第一部分,1.共205例OSCC患者,P.gingivalis免疫表达呈弱阳性的有86例,119例P.gingivalis免疫表达呈强阳性,而在非肿瘤组织中呈阴性表达。2.对数据集进行标准化处理后,GSE87539数据集中共识别26469个差异基因,GSE138206中识别9443个差异基因,其中有89个基因重叠,CXCL2位于hub基因中,并且表达明显上调。第二部分,1.通过16Sr RNA测序技术对P.gingivalis菌液进行测序分析,将测序结果于pubmed数据库进行比对,结果证实与标准菌株ATCC33277符合率达99.3%,利用激光共聚焦、q RT-PCR和Western Blot验证共培养模型的成功建立。2.Elisa验证TSCCA+P.gingivalis+TANs上清液组中CXCL2的含量显着高于TSCCA、TSCCA+P.gingivalis和TSCCA+TANs上清液组(P<0.001)。3.细胞趋化实验验证TSCCA+P.gingivalis上清液组对TANs的趋化能力显着高于TSCCA和P.gingivalis上清液组(P<0.001)。4.CCK8法增殖实验、细胞划痕实验和细胞侵袭实验分别验证TSCCA+P.gingivalis+TANs组细胞的增殖、迁移和侵袭能力显着高于TSCCA、TSCCA+P.gingivalis和TSCCA+TANs组(P<0.001)。5.加入CXCL2/CXCR2信号轴抑制剂SCH527123后,TSCCA+P.gingivalis+TANs+SCH527123组细胞的增殖、迁移和侵袭表型与TSCCA+P.gingivalis+TANs组比较显着降低(P<0.001)。6.通过肿瘤动物模型验证P.gingivalis能够促进小鼠肿瘤增长,使用SCH527123干预后能够有效显着抑制肿瘤增长且高剂量组更为显着。第三部分,1.利用q RT-PCR验证TSCCA+P.gingivalis+TANs组中CXCL2(P<0.001)、CXCR2(P<0.001)、JAK1(P<0.05)、STAT3(P<0.001)和N-cadherin(P<0.01)的m RNA表达水平较TSCCA组显着升高,而E-cadherin(P<0.01)的m RNA表达水平显着降低。利用Western Blot验证TSCCA+P.gingivalis+TANs组中CXCL2(P<0.001)、CXCR2(P<0.001)、JAK1(P<0.05)、STAT3(P<0.001)、p-JAK1(P<0.001)、p-STAT3(P<0.001)和N-cadherin(P<0.001)的蛋白表达水平较TSCCA组显着升高,而E-cadherin(P<0.001)的蛋白表达水平显着降低。2.构建CXCL2-sh RNA和CXCR2-sh RNA慢病毒载体,转染至共培养模型后验证敲低效率。3.利用流式细胞仪成功筛选出CXCL2/CXCR2-sh RNA共染TSCCA细胞株,通过有限稀释法成功挑取阳性克隆细胞。4.使用阳性克隆细胞进行细胞模型的建立,利用q RT-PCR验证TSCCA+P.gingivalis+TANs组与TSCCA组比较,JAK1的m RNA表达水平出现了降低(P<0.05),而STAT3(P>0.05)、N-cadherin(P>0.05)和E-cadherin(P>0.05)的m RNA表达水平较TSCCA组之间比较差异不显着。利用Western Blot验证TSCCA+P.gingivalis+TANs组与TSCCA组比较,除了N-cadherin的蛋白表达水平升高(P<0.01)外,JAK1(P>0.05)、STAT3(P>0.05)、p-JAK1(P>0.05)、p-STAT3(>0.05)、E-cadherin(P>0.05)的蛋白表达水平无统计学差异。同时将感染慢病毒的TSCCA+P.gingivalis+TANs组与未感染慢病毒的TSCCA+P.gingivalis+TANs组进行比较,在m RNA和蛋白水平均发现JAK1/STAT3信号通路的活化程度显着降低且EMT表现出现明显的回复。结论:1.P.gingivalis、CXCL2和TANs在OSCC组织中的表达水平较非肿瘤组织显着升高,三者高表达与OSCC患者的不良预后相关。2.TSCCA+P.gingivalis+TANs上清液组中CXCL2含量显着升高,TSCCA+P.gingivalis上清液组对TANs的趋化能力最强。3.TSCCA+P.gingivalis+TANs组中细胞的增殖、迁移和侵袭能力最强,CXCL2/CXCR2信号轴抑制剂能够明显抑制肿瘤细胞的增殖、迁移和侵袭能力。4.动物模型验证P.gingivalis能够促进小鼠肿瘤增长,使用SCH527123干预后能够显着抑制肿瘤增长。5.TSCCA+P.gingivalis+TANs组能够通过活化CXCL2/CXCR2信号轴来激活JAK1/STAT3信号通路,使肿瘤出现EMT表型,敲低CXCL2/CXCR2信号轴能够显着降低JAK1/STAT3信号通路活化程度和逆转EMT表型。
蒋雷[8](2021)在《中老年患者肠道微生态与食管鳞癌的关系》文中研究表明背景与目的:食管癌(EC)是一种常见的上消化道癌症,在世界范围内尤其是对发展中国家造成一定负担。食管癌发病率在全球位居第九位,死亡率为第六位,2018年有近572034个新发病例和508585个死亡病例。然而,食管癌患者即使经过手术、放疗、化疗或多种方法联合治疗,预后依旧很差,其5年生存率尚不足20%。自2007年人类微生物组计划(HMP,Human Microbiome Project)启动以来,人们开始更加关注微生物组全面且不可或缺的作用。已有研究提出异常的肠道菌群结构可能与肥胖、糖尿病、高血压、冠心病、中风及其他代谢性疾病息息相关。肿瘤与人体微生物组关系的研究也在迅速展开,有研究表明,肠道微生物群与多种癌症相关,这可能为开发针对肠道微生物群的癌症治疗手段提供可能。因此,本实验中我们采用高通量测序技术对食管鳞癌患者肠道菌群进行多样性分析研究,探讨食管鳞状细胞癌与肠道菌群的关系,筛选出食管鳞癌患者特异性表达的细菌,旨在为食管鳞癌的早期筛查提供简便无创方法以及探寻新的诊治方法。方法:本研究于2020年1月至2021年1月在江苏省苏北人民医院招募20名食管鳞癌术前患者和20名性别和年龄匹配的健康对照组,采集两组受试者新鲜粪便,通过16S r RNA基因测序检测分析两个分组的肠道菌群差异。研究共纳入40例受试者,分为癌症组(AZZ)和健康对照组(JKDZZ)两个组,两组均为20人。根据扩增的16S区域显着特点,进行小片段文库构建,然后基于高通量测序平台(Illumina Nova Seq)对文库测序(Paired End)。对所得样品进行Reads拼接及过滤,再进行OTUs(Operational Taxonomic Units,可操作分类单元)聚类、物种注释和丰度分析;最后对处理后的数据进行α多样性(Alpha Diversity)和β多样性分析(Beta Diversity),得出组内细菌物种组成和组间群落结构的差异。结果:本研究中两组样本肠道菌群的多样性和均一性有明显差异(P<0.05)。通过多样性分析得出,在门水平上Desulfobacterota在健康对照组中的平均丰度为0.1%,在癌症组中的平均丰度为0.5%,通过T-test发现该物种在两组间存在显着性差异(P=0.0061)。物种分析表明与健康对照组相比,癌症组的考拉杆菌属(Phascolarctobacterium)、萨特氏菌属(Sutterella)、链球菌属(Streptococcus)的比例较高,而毛螺菌属(Lachnospira)、副萨特氏菌(Parasutterella)比例显着降低,且具有统计学差异(P<0.05)。通过对两组进行LEf Se分析,我们发现LDA score>4的生物标志物共有4个,包括Bacteroides_stercoris、Prevotella_copri、普雷沃菌属(Prevotella)、普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)。结论:本研究对食管鳞癌患者与健康人群的肠道菌群组成进行了相关性分析,发现两组人群在门和属水平微生物组成均有明显差异,筛选出了食管鳞癌诊断的最优潜在菌群生物标志物。为进一步研究肠道微生物组对食管癌的诊断和治疗提供基础参考。
张晓辉[9](2020)在《冠心病患者肠道菌群及代谢产物的变化和不同菌群结构对大肠癌发生发展的影响》文中指出第一部分 冠心病患者肠道菌群及代谢产物的变化背景:冠心病(CAD)是一种常见的心血管疾病。许多研究发现冠心病患者肠道菌群和代谢产物发生了变化,但很少有研究可以解释它们之间的相关性。方法:我们纳入冠心病患者37例及健康对照人群37例,收集他们的新鲜粪便和静脉血,采用16S rDNA测序检测微生物群,采用非靶向代谢组学检测血清代谢产物。使用生物信息学分析和相关分析来发现微生物群和代谢产物及其关联的变化,以及构建诊断模型。结果:与健康对照组相比,冠心病患者的肠道菌群丰富度明显下降,菌群组成发生明显变化。Bacteroides,Flavonifractor和Oscillibacter的丰度在冠心病中升高,而Blautia,Prevotella,Streptococcus的丰度则降低。脂质相关代谢物和外源性代谢物水平是CAD患者的主要变化。冠心病患者的脂肪酸代谢显着降低,而一些药物相关的代谢产物却升高。结果表明某些细菌可能通过调节宿主的代谢途径(例如脂肪酸和苯代谢)来影响动脉粥样硬化。利用差异微生物群和代谢产物,诊断模型显示出了识别患有CAD的可能性。结论:我们的研究成功地确定了冠心病患者肠道菌群和循环代谢产物的变化特征及其潜在关系。我们的研究为理解宿主肠道菌群及代谢产物在动脉粥样硬化发病机理中的相互作用提供了额外的证据。第二部分 不同菌群结构对大肠癌发生发展的影响目的:探究处于不同年龄阶段的人群其肠道菌群的差异,研究这种菌群结构的不同对大肠癌大肠癌发生发展的影响。方法:我们收集了 4个不同年龄段共112人的粪便样本,分析其中菌群的结构与组成,并将这些菌群通过灌胃方式移植给肠癌模型小鼠,观察小鼠肠道肿瘤的形成情况,比较不同组小鼠肠道菌群的差异,寻找出与大肠癌发生相关的特异性细菌。结果:四个年龄段的人群其菌群丰富度随着年龄的增长而升高,且各组之间菌群多样性存在显着差异。有益菌Bifidobacterium、Roseburia、Faecalibacterium的丰度随年龄增长而降低,Alistipes、Parabacteroides、Prevotella的丰度随年龄增长而升高。将各组人群粪菌液灌胃小鼠后,小鼠肠道肿瘤情况呈现出逐渐恶化趋势,进一步分析小鼠肠道菌群组成,发现各组小鼠的肠道菌群组成也存在显着差异,其中Faecalibacterium菌属的丰度变化可能与大肠癌的发生发展有关。结论:处于不同年龄阶段的人群其肠道菌群组成存在显着差异,且其中有益菌的降低、可能致病菌的丰度升高,能够影响大肠癌的发生发展。
陈倩[10](2020)在《噬菌体组以及噬菌体调控微生物群研究》文中研究说明近二十年来,人们对疾病状态下肠道微生物群结构及其代谢状态的改变进行了大量研究,并对其在机体健康或疾病中的作用机制进行了深层次探讨。肠道微生物群与机体多种疾病之间的关系逐渐明确;相关疾病不仅涉及感染性疾病,还包含代谢性疾病、神经精神类疾病甚至肿瘤等非感染性疾病。以这种关联为基础,以预防或治疗疾病为目的的肠道微生物群调控,正在成为医学实践及相关产业发展的新路线。因此,其基础研究显得尤为重要。噬菌体能够特异性地作用于宿主细菌,并通过裂解宿主细菌下调其在微生物群中的丰度。为了挖掘微生物群中对疾病有重要作用的噬菌体,并且更好地了解噬菌体在群体环境中的作用,本研究首先以2型糖尿病(type 2 diabetes,T2D)为对象,通过基于病毒样颗粒(virus-like particles,VLPs)的宏基因组学分析,揭示了患者肠道噬菌体组的改变,并对其与肠道细菌群的相互关系进行了探究,发现了8种噬菌体组合的特征谱,能够较好地区分T2D患者与非糖尿病个体(AUC>0.99),同时经过分析预测肠杆菌科噬菌体裂解其宿主细菌产生的脂多糖(lipopolysaccharide,LPS)可能对T2D的发生发展起重要作用;其次,为了开发能够预防或辅助治疗结直肠癌(colorectal cancer,CRC)的微生态制剂,以微生物群为调控靶标,筛选出了经证实与CRC发生密切相关的具核梭杆菌(Fusobacterium nucleatum,F.nucleatum)的噬菌体,并对筛选得到的两株具有裂解活性的噬菌体基因组结构、生物学特性以及基因水平的安全性进行了研究。本研究还对另一种微生态干预策略——益生元的应用进行了验证性研究。为了研究新型益生元制剂PB对微生物群的调控以及对肠易激综合征(irritable bowel syndrome,IBS)的预防效果和作用机制,首先在肠上皮细胞系Caco-2中证实PB在体外具有抗炎作用。其次选用C57BL/6小鼠建立感染后IBS模型,在PB干预小鼠的肠道组织中,促炎因子表达显着下调,肠上皮紧密连接蛋白的表达显着上调。且PB干预组小鼠肠道细菌群结构与健康对照组小鼠更为接近,揭示PB能够有效调控肠道细菌群,改善IBS炎症状态。进一步研究发现PB在IBS疾病中的抗炎作用可能是通过过氧化物酶体增殖物激活受体γ(peroxisome proliferator-activated receptorsγ,PPARγ)通路实现的。本论文对不同微生态干预策略在以T2D、CRC及IBS为例的非感染性疾病中的作用及可能的机制进行了初步研究。分析了T2D人群和IBS动物肠道微生物群中不同组分的特征,提出了可能的微生态干预前景,部分揭示了肠道微生物群变化与疾病之间的关系。并筛选出与CRC密切相关细菌的噬菌体,为进一步的微生态应用打下基础。
二、正常微生物群与肿瘤(论文开题报告)
(1)论文研究背景及目的
此处内容要求:
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景,再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题,并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例:
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
(2)本文研究方法
调查法:该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法:用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法:通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法:通过调查文献来获得资料,从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法:依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法:对研究对象进行“质”的方面的研究,这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法:通过具体的数字,使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法:运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法:这是社会科学用来分析社会现象的一种方法,从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法:通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、正常微生物群与肿瘤(论文提纲范文)
(1)女性生殖系统肿瘤患者的微生物群在肿瘤中的作用的研究进展(论文提纲范文)
0 引 言 |
1 微生物组成的检测技术 |
1.1 早期微生物组成检测技术 |
1.2 NGS |
1.2.1 NGS发展历程 |
1.2.2 常见的NGS技术 |
2 微生物群与癌症 |
3 上生殖道的微生物群 |
4 人乳头瘤病毒(human papilloma virus, HPV)与微生物群 |
5 宫颈癌微生物群 |
5.1 存在HPV感染的宫颈癌患者的微生物群 |
5.2 艾滋病患者微生物群 |
6 卵巢癌患者的微生物群 |
7 结语与展望 |
(2)胆总管结石与胆管癌患者胆道菌群对比研究(论文提纲范文)
中英文缩略词表 (Abbreviation) |
摘要 |
abstract |
引言 |
第一章 研究对象与研究方法 |
1.1 研究对象 |
1.2 研究材料 |
1.3 实验方法 |
1.4 统计学分析 |
第二章 结果 |
2.1 临床一般资料分析 |
2.2 实验室资料分析 |
2.3 胆道微生物群落分析 |
第三章 讨论 |
第四章 结论 |
第五章 应用前景与展望 |
参考文献 |
综述 胆道结石、肿瘤与微生物关系的研究进展 |
参考文献 |
致谢 |
攻读硕士期间研究成果及获奖情况 |
(3)万通筋骨片对类风湿关节炎的抗炎机制研究及16S rDNA高通量测序和代谢组学分析(论文提纲范文)
中文摘要 |
abstract |
英文缩略词 |
第1章 文献综述 |
1.1 类风湿关节炎概述 |
1.2 类风湿关节炎发病机制 |
1.2.1 触发阶段 |
1.2.2 成熟阶段 |
1.2.3 靶向阶段 |
1.2.4 爆发性阶段 |
1.3 类风湿性关节炎现代药物疗法 |
1.3.1 传统DMARDs |
1.3.2 生物DMARDs |
1.3.3 小分子DMARDs |
1.4 肠道微生物群与类风湿关节炎 |
1.4.1 肠道菌群与免疫调节细胞 |
1.4.2 肠道菌群介导炎症性关节炎 |
1.4.3 肠道菌群介导类风湿关节炎治疗 |
1.4.4 益生菌 |
1.5 中草药对RA-FLSs细胞凋亡的影响及机制 |
1.5.1 RA-FLSs细胞凋亡 |
1.5.2 死亡受体介导的凋亡途径 |
1.5.3 线粒体依赖性凋亡途径 |
1.5.4 .NF-κB介导的凋亡途径 |
1.5.5 MAPK介导的凋亡途径 |
1.5.6 .其他凋亡途径 |
1.6 万通筋骨片研究进展 |
1.7 技术路线 |
第2章 万通筋骨片在类风湿性关节炎中的抗炎作用 |
2.1 前言 |
2.2 实验材料 |
2.2.1 实验仪器 |
2.2.2 实验试剂与耗材 |
2.2.3 实验细胞与实验动物 |
2.3 实验方法 |
2.3.1 大鼠急毒实验 |
2.3.2 CIA大鼠模型建立 |
2.3.3 动物分组与给药 |
2.3.4 酶联免疫吸附试验 |
2.3.5 HE染色 |
2.3.6 免疫组化分析 |
2.4 实验结果 |
2.4.1 万通筋骨片安全给药浓度 |
2.4.2 CIA大鼠模型 |
2.4.3 万通筋骨片对RA具有抗炎作用 |
2.5 讨论 |
第3章 万通筋骨片在类风湿性关节炎中的抗炎机制 |
3.1 前言 |
3.2 实验材料 |
3.2.1 实验仪器 |
3.2.2 实验试剂与耗材 |
3.2.3 实验细胞与实验动物 |
3.3 实验方法 |
3.3.1 万通筋骨片溶液配制 |
3.3.2 RA-FLSs细胞培养 |
3.3.3 细胞形态观察 |
3.3.4 RA-FLSs细胞增殖检测 |
3.3.5 蛋白免疫印迹分析 |
3.3.6 实时荧光定量PCR分析 |
3.3.7 细胞免疫荧光 |
3.3.8 质粒转染 |
3.3.9 Caspase-3/9蛋白酶活性检测 |
3.3.10 免疫组化分析 |
3.4 实验结果 |
3.4.1 万通筋骨片乙醇提取物对RA-FLSs细胞的影响 |
3.4.2 MEK/ERK信号通路介导万通筋骨片的抗炎作用 |
3.4.3 万通筋骨片乙醇提取物促进RA-FLSs细胞凋亡 |
3.4.4 线粒体依赖性凋亡途径介导万通筋骨片的抗炎作用 |
3.5 讨论 |
第4章 基于RNA高通量测序挖掘万通筋骨片对RA的抗炎靶点 |
4.1 前言 |
4.2 实验材料 |
4.2.1 实验仪器 |
4.2.2 实验试剂与耗材 |
4.2.3 实验分析软件 |
4.3 实验方法 |
4.3.1 RA-FLSs细胞培养与分组 |
4.3.2 样品收集和准备 |
4.3.3 数据分析 |
4.3.4 实时荧光定量PCR |
4.3.5 蛋白免疫印迹 |
4.4 实验结果 |
4.4.1 DESeq2差异分析 |
4.4.2 差异基因功能注释分析 |
4.4.3 KEGG富集通路提取及蛋白互作网络分析 |
4.4.4 STEM时间聚类分析 |
4.4.5 权重共表达网络分析及功能富集分析 |
4.4.6 基因共表达网络分析及蛋白互作网络分析 |
4.4.7 核心基因筛选与验证 |
4.5 讨论 |
第5章 基于16S高通量测序和代谢组学联合分析挖掘万通筋骨片对RA的抗炎靶点 |
5.1 前言 |
5.2 实验材料 |
5.2.1 实验仪器 |
5.2.2 实验试剂 |
5.2.3 实验分析软件 |
5.3 实验方法 |
5.3.1 16S rDNA扩增子测序 |
5.3.2 16S rDNA扩增子信息分析 |
5.3.3 代谢物提取 |
5.3.4 色谱条件 |
5.3.5 质谱条件 |
5.3.6 代谢物鉴定 |
5.3.7 肠道菌群与代谢物联合分析 |
5.4 实验结果 |
5.4.1 万通筋骨片改变CIA大鼠肠道菌群结构 |
5.4.2 万通筋骨片作用特定肠道菌群 |
5.4.3 万通筋骨片改变CIA大鼠血清代谢物谱 |
5.4.4 差异代谢物筛选 |
5.4.5 靶点代谢物筛选 |
5.4.6 16S rDNA高通量测序与代谢物组学联合分析 |
5.5 讨论 |
第6章 结论 |
参考文献 |
作者简介及在学期间所取得的科研成果 |
致谢 |
附表 |
(4)中药治疗大肠癌术后脾肾阳虚证患者疗效及对肠道菌群影响的研究(论文提纲范文)
摘要 |
ABSTRACT |
英文缩略词对照表 |
第一章 文献综述 |
第一节 大肠癌的中医治疗进展 |
1 中医对大肠癌病因病机的认识 |
2 大肠癌中医证候研究 |
3 中医药对大肠癌的治疗 |
4 小结 |
第二节 大肠癌的发生及相关治疗与肠道菌群的关系 |
1 肠道菌群概述 |
2 肠道菌群与大肠癌的发生 |
3 肿瘤相关治疗对肠道菌群关系的研究 |
4 小结 |
第二章 临床研究 |
前言 |
1 资料和方法 |
2 研究结果 |
3 讨论 |
第三章 结语 |
1 结论 |
2 创新点 |
3 问题与展望 |
参考文献 |
致谢 |
附录 |
个人研究成果 |
(5)弥漫大B细胞淋巴瘤患者肠道菌群多样性及演替的研究(论文提纲范文)
中文摘要 |
ABSTRACT |
前言 |
第一部分 未治疗DLBCL患者肠道菌群多样性研究 |
引言 |
材料与方法 |
研究结果 |
讨论 |
结论 |
图示 |
第二部分 化疗后弥漫大B细胞淋巴瘤患者肠道菌群多样性及其与疗效的相关性研究 |
引言 |
材料与方法 |
研究结果 |
讨论 |
结论 |
图示 |
全文总结 |
参考文献 |
综述:肠道菌群对血液病影响作用的机制研究进展 |
参考文献 |
中英文缩略表 |
论文发表情况 |
致谢 |
(6)基于高通量测序的胃癌患者舌苔及胃黏膜菌群研究(论文提纲范文)
摘要 |
ABSTRACT |
前言 |
第一部分: 胃癌与浅表性胃炎患者的胃黏膜菌群结构差异分析 |
1.1 引言 |
1.2 材料与方法 |
1.2.1 研究对象 |
1.2.2 胃黏膜标本采集 |
1.2.3 胃黏膜菌群测定方法 |
1.2.4 16S rDNA探针荧光原位杂交分析 |
1.2.5 统计分析 |
1.3 实验结果 |
1.3.1 入组基本情况及基线信息 |
1.3.2 GC组与SG对照组胃黏膜菌群的物种多样性分析 |
1.3.3 GC组与SG对照组差异菌属LEfSe分析 |
1.3.4 GC组与SG对照组胃黏膜微生物失衡指数计算 |
1.3.5 HP对GC组及SG对照组胃黏膜菌群结构的影响 |
1.3.6 GC组与SG对照组胃黏膜菌群功能差异分析 |
1.3.7 GC组与SG对照组胃黏膜菌群在黏膜中定植分布分析 |
1.4 讨论 |
1.5 小结 |
第二部分: 口腔菌群在胃黏膜中的异位定植及其对胃黏膜菌群结构的影响 |
2.1 引言 |
2.2 材料与方法 |
2.2.1 研究对象 |
2.2.2 胃黏膜标本采集 |
2.2.3 舌苔标本采集 |
2.2.4 胃黏膜菌群测定方法 |
2.2.5 舌苔菌群测定方法 |
2.2.6 统计分析 |
2.3 实验结果 |
2.3.1 入组基本情况及基线信息 |
2.3.2 胃部疾病状态及HP感染对舌苔菌群的影响 |
2.3.3 舌苔与胃黏膜共现菌群在GC组与SG对照组之间的差异 |
2.3.4 HP感染对舌苔与胃黏膜之间共现菌群的影响 |
2.3.5 异位定植的核心口腔菌群对胃黏膜菌群结构的影响 |
2.4 讨论 |
2.5 小结 |
参考文献 |
综述 微生物群与中性粒细胞在肿瘤微环境中的相互作用 |
参考文献 |
攻读博士学位期间取得的研究成果 |
致谢 |
作者简介 |
(7)肿瘤微环境中牙龈卟啉单胞菌通过活化CXCL2/CXCR2轴促进口腔鳞癌进展的机制研究(论文提纲范文)
摘要 |
ABSTRACT |
前言 |
第一部分 口腔鳞癌组织中P.gingivalis、CXCL2和TANs的表达水平与临床指标相关性及预后研究 |
1 研究内容及方法 |
1.1 研究对象 |
1.2 实验方法 |
1.3 统计学处理 |
2 结果 |
3 讨论 |
4 小结 |
第二部分 P.gingivalis通过感染口腔鳞癌肿瘤微环境促进肿瘤进展的细胞及动物实验研究 |
1 研究内容及方法 |
1.1 研究对象 |
1.2 主要仪器设备和试剂配制方法 |
1.3 实验方法 |
1.4 统计方法 |
2 结果 |
3 讨论 |
4 小结 |
第三部分 口腔鳞癌肿瘤微环境中P.gingivalis通过活化CXCL2/CXCR2 轴激活JAK1/STAT3 信号通路促进口腔鳞癌进展的机制研究 |
1 研究内容及方法 |
1.1 研究对象 |
1.2 主要仪器设备和试剂配制方法 |
1.3 实验方法 |
1.4 统计方法 |
2 结果 |
3 讨论 |
4 小结 |
结论 |
致谢 |
参考文献 |
综述 肿瘤微环境促进口腔鳞癌侵袭转移及其机制的研究进展 |
参考文献 |
攻读博士学位期间获得的学术成果 |
个人简历 |
导师评阅表 |
(8)中老年患者肠道微生态与食管鳞癌的关系(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
第一章 前言 |
第二章 研究人群和样本收集 |
第三章 方法描述与统计学分析 |
3.1 测序部分 |
3.1.1 基因组DNA的提取和PCR扩增 |
3.1.2 PCR产物的混样和纯化 |
3.1.3 文库构建和上机测序 |
3.2 数据处理 |
3.2.1 测序数据处理 |
3.2.2 OTU聚类和物种注释 |
3.2.3 样本复杂度分析(Alpha Diversity) |
3.2.4 多样本比较分析(Beta Diversity) |
3.3 统计学分析 |
第四章 结果 |
4.1 基本资料及数据处理 |
4.2 OTU聚类和物种注释 |
4.3 VENN图 |
4.4 稀释曲线(rarefaction curve)和物种累积箱形图 |
4.5 多样性分析 |
4.5.1 样品复杂度分析(Alpha diversity) |
4.5.2 多样品比较分析(Beta Diversity) |
4.5.3 主坐标分析PCoA |
4.6 无度量多维标定法(NMDS,Non-Metric Multi-Dimensional caling) |
4.7 组间差异物种分析 |
4.7.1 癌症组(AZZ)和健康对照组(JKDZZ)在门水平上微生物组成 |
4.7.2 癌症组和健康对照组在属水平上的微生物组成 |
第五章 讨论 |
第六章 研究的优缺点 |
第七章 结论 |
参考文献 |
第八章 综述 微生物与食管肿瘤的关系研究进展 |
参考文献 |
第九章 致谢 |
(9)冠心病患者肠道菌群及代谢产物的变化和不同菌群结构对大肠癌发生发展的影响(论文提纲范文)
中文摘要 |
Abstract |
第一部分 冠心病患者肠道菌群及代谢产物的变化 |
一、引言 |
二、实验材料 |
三、实验方法 |
四、实验结果 |
五、讨论 |
六、结论 |
参考文献 |
第二部分 不同菌群结构对大肠癌发生发展的影响 |
一、引言 |
二、实验材料 |
三、实验方法 |
四、实验结果 |
五、讨论 |
六、结论 |
参考文献 |
综述一 肠道菌群与冠心病 |
参考文献 |
综述二 肠道菌群与大肠癌 |
参考文献 |
硕士期间发表论文 |
致谢 |
(10)噬菌体组以及噬菌体调控微生物群研究(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
缩略词表 |
第一章 肠道微生物群与机体健康相关性研究 |
引言 |
1.1 肠道微生物群的结构特征 |
1.1.1 肠道细菌群组成特征 |
1.1.2 肠道病毒组组成特征 |
1.1.3 肠道真菌群,古细菌群与原生生物群 |
1.2 肠道微生物群与宿主的相互作用 |
1.3 肠道微生物群与健康 |
1.4 肠道微生物群与疾病 |
1.4.1 肠道细菌群与疾病 |
1.4.2 肠道病毒组与疾病 |
1.5 肠道微生物群的影响因素 |
1.6 肠道微生物群的调控方式 |
1.6.1 益生菌 |
1.6.2 益生元、益生素(postbiotics) |
1.6.3 抗生素 |
1.6.4 噬菌体 |
1.6.5 粪便微生物群移植(fecal microbiota transplantation, FMT) |
展望 |
第二章 2型糖尿病患者肠道噬菌体组特征及其与疾病的相关性研究 |
引言 |
2.1 材料与方法 |
2.1.1 材料 |
2.1.2 方法 |
2.2 实验结果 |
2.2.1 肠道噬菌体组测序结果 |
2.2.2 T2D患者肠道噬菌体组特征 |
2.2.3 肠道细菌组测序结果 |
2.2.4 T2D患者肠道细菌组特征 |
2.2.5 肠道噬菌体组与细菌组的关联性分析 |
2.2.6 肠杆菌科细菌的噬菌体在两组间的差异分析 |
2.2.7 T2D患者血清LPS水平 |
2.2.8 T2D患者肠道噬菌体组与疾病的相关性探究 |
2.3 讨论 |
2.4 本章小结与展望 |
第三章 具核梭杆菌噬菌体筛选及其特性研究 |
引言 |
3.1 材料与方法 |
3.1.1 材料 |
3.1.2 方法 |
3.2 实验结果 |
3.2.1 F.nucleatum噬菌体宿主菌株 |
3.2.2 F.nucleatum噬菌体形态特征 |
3.2.3 F.nucleatum噬菌体基因组特征 |
3.2.4 F.nucleatum噬菌体生物学特性 |
3.2.5 F.nucleatum噬菌体感染特性 |
3.3 讨论 |
3.4 本章小结与展望 |
第四章 一种新型益生元制剂在预防肠易激综合征中的作用研究 |
引言 |
4.1 材料与方法 |
4.1.1 材料 |
4.1.2 方法 |
4.2 实验结果 |
4.2.1 PB对 Caco-2 细胞分泌促炎因子的影响 |
4.2.2 PI-IBS模型小鼠评估 |
4.2.3 PI-IBS小鼠肠道促炎因子水平 |
4.2.4 小鼠肠道紧密连接蛋白表达水平 |
4.2.5 小鼠肠道蛋白质组学分析 |
4.2.6 小鼠肠道PPARγ表达水平 |
4.2.7 小鼠肠道细菌群 |
4.3 讨论 |
4.4 本章小结与展望 |
全文总结 |
论文创新点 |
参考文献 |
附录 |
致谢 |
学术论文和科研成果 |
四、正常微生物群与肿瘤(论文参考文献)
- [1]女性生殖系统肿瘤患者的微生物群在肿瘤中的作用的研究进展[J]. 唐杰,何京,张金艳. 医学研究生学报, 2021(06)
- [2]胆总管结石与胆管癌患者胆道菌群对比研究[D]. 李丹. 延安大学, 2021(11)
- [3]万通筋骨片对类风湿关节炎的抗炎机制研究及16S rDNA高通量测序和代谢组学分析[D]. 李兆东. 吉林大学, 2021(01)
- [4]中药治疗大肠癌术后脾肾阳虚证患者疗效及对肠道菌群影响的研究[D]. 谭雅彬. 北京中医药大学, 2021(01)
- [5]弥漫大B细胞淋巴瘤患者肠道菌群多样性及演替的研究[D]. 元力. 北京协和医学院, 2021
- [6]基于高通量测序的胃癌患者舌苔及胃黏膜菌群研究[D]. 吴震峰. 南京中医药大学, 2021(01)
- [7]肿瘤微环境中牙龈卟啉单胞菌通过活化CXCL2/CXCR2轴促进口腔鳞癌进展的机制研究[D]. 郭治辰. 新疆医科大学, 2021(08)
- [8]中老年患者肠道微生态与食管鳞癌的关系[D]. 蒋雷. 大连医科大学, 2021(01)
- [9]冠心病患者肠道菌群及代谢产物的变化和不同菌群结构对大肠癌发生发展的影响[D]. 张晓辉. 苏州大学, 2020(02)
- [10]噬菌体组以及噬菌体调控微生物群研究[D]. 陈倩. 上海交通大学, 2020(01)