一、尿液蛋白质的检测及临床评价(论文文献综述)
杨玲,林文弢[1](2021)在《尿蛋白组学现代化检测技术及其在运动中的应用》文中指出介绍运动性尿蛋白检测技术的研究进展,重点分析其在运动训练中的应用,主要表现在3个方面:评定不同运动负荷,寻找运动性疲劳标志物,评定运动员体能。认为:随着尿蛋白组学检测技术更加先进和普及,其在运动领域会发挥更大的作用。
杨光[2](2021)在《稳定性冠心病痰瘀互结证与血瘀证的DIA定量蛋白质组学研究》文中认为背景稳定性冠心病是常见的慢性非传染性疾病,威胁着患者的生活质量和远期预后。目前,稳定性冠心病的管理以生活方式干预,强化药物治疗和减少危险因素为主。但即使经过有效管理,有些患者仍会出现心肌缺血症状。经皮冠状动脉介入治疗可降低心绞痛的发作次数,但会引起5%至10%的再狭窄风险,且难以改善心血管远期预后。以上问题表明,冠心病需要开发新的个体化治疗策略,来改善疗效和预后。中医药治疗通过个体化施治,在防治冠心病、改善患者生活质量方面具有独特优势。痰瘀互结证与血瘀证是冠心病最常见的中医证型,既往关于痰瘀互结证与血瘀证的生物学基础研究取得了阶段性成果,但也存在一些问题,如无法特异性地区分证候差异等。蛋白质组学与中医证候具有某些相似之处,两者都是机体即时功能状态的反映,研究蛋白质组学相当于从表层原因层面探究证候的微观物质基础。有鉴于此,本研究借助定量蛋白质组学技术和生物信息学方法,初步筛选冠心病痰瘀互结证与血瘀证的血浆蛋白质表达谱及两种证候间的蛋白质差异,希望明确冠心病痰瘀互结证与血瘀证的关键生物学过程,从而为中医证候的客观化研究与冠心病的个体化治疗提供依据。目的初步筛选冠心病痰瘀互结证与血瘀证的血浆蛋白质表达谱及两种证候间的蛋白质差异,希望明确冠心病痰瘀互结证与血瘀证生物学过程中的核心靶点和通路,为中医证候的客观化研究提供依据。方法1.基于DIA的冠心病痰瘀互结证与血瘀证的蛋白质测序。参照《稳定性冠心病诊断与治疗指南》、《冠心病心绞痛证候要素诊断标准》,共纳入研究对象15例,分为冠心病痰瘀互结证组、冠心病血瘀证组与健康对照组。在获取受试者的知情同意后,于清晨采集研究对象的空腹血浆,进行离心,获得蛋白质混合液。经过蛋白质提取、酶解、除盐后进行液相色谱分离及质谱鉴定。采用DIA扫描模式,将扫描区间内所有的肽段母离子经过超高速扫描并进行二级碎裂,使用二级碎片离子进行蛋白相对/绝对定量,从而获得完整的肽段信息。使用Spectronaut Pulsar软件进行搜库与鉴定,得到蛋白质的原始定量数据。对原始数据进行预处理后,在Excel中进行统计分析,利用差异倍数及p.value筛选不同组之间差异蛋白质。并通过R语言的Ggplot2包绘制火山图进行可视化展示。2.冠心病痰瘀互结证与血瘀证的差异蛋白质功能分析。根据第一部分的差异蛋白质结果进行生物信息学分析:①GO富集分析:利用David数据库分析各组间差异蛋白质对应基因的富集情况,选取富集基因数在3以上的条目进行展示,利用R语言GOplot包绘制弦图。②KEGG信号通路查询:利用KEGG Mapper查询GO分析中已经富集到的差异基因,将Uniprot ID输入KEGG Mapper查询相关信号通路图,选取富集基因数在3以上的信号通路图进行展示。③蛋白质互作网络分析:利用String数据库检索差异蛋白质的互作网络,利用Cytoscape软件优化蛋白质互作网络,并通过计算节点数量得到核心蛋白质。结果1.在差异倍数为1.5倍时,冠心病痰瘀互结证组相比于健康对照组,共鉴定到19个蛋白质下调,9个蛋白质上调。上调的蛋白质包括:免疫球蛋白轻链可变区3D-15、免疫球蛋白重链可变区3-43、血管性血友病因子、过氧化物酶Peroxiredoxin-2、免疫球蛋白重链可变区 6-1、Mannosyl-oligosaccharide 1,2-alpha-mannosidase IA、免疫球蛋白重链可变区1-45、免疫球蛋白重链可变区3-9、S100A9蛋白。下调的蛋白质包括:胰岛素样生长因子1受体、血小板糖蛋白α链、免疫球蛋白重链可变区1-69、免疫球蛋白轻链κ型1-8、二肽基肽酶-Ⅳ、白蛋白、血浆丝氨酸蛋白酶抑制剂、补体因子H相关蛋白2、胰岛素生长因子结合蛋白3、载脂蛋白C-I、转铁蛋白受体1、胰岛素样生长因子结合蛋白复合物亚基、补体因子H相关蛋白4、细胞外基质蛋白1、补体因子H相关蛋白1、转化生长因子β、L选择素、补体因子H、胰岛素样生长因子2。冠心病血瘀证组相比于健康对照组,共鉴定到22个蛋白质下调,9个蛋白质上调。上调的蛋白质包括:免疫球蛋白轻链λ型可变区3-25、免疫球蛋白重链可变区3-23、免疫球蛋白重链可变区3-43、免疫球蛋白重链的恒定区域、免疫球蛋白重链可变区3-49、C反应蛋白、免疫球蛋白轻链λ型可变区6-57、免疫球蛋白重链可变区3-9、胰岛素样生长因子结合蛋白2。下调的蛋白质包括:免疫球蛋白轻链可变区1D-13、免疫球蛋白λ型多肽1、多聚蛋白2、Roundabout homolog 4、血浆丝氨酸蛋白酶抑制剂、胰岛素样生长因子结合蛋白复合物亚基、富含半胱氨酸酸性分泌蛋白类似蛋白1、胰岛素样生长因子结合蛋白3、多泡体亚单位12B、白蛋白、L选择素、补体因子H、补体因子H相关蛋白1、血小板糖蛋白α链、含Ⅰ型血小板结合蛋白序列的解聚素样金属蛋白酶2、细胞间黏附分子2、细胞间黏附分子2、凝溶胶蛋白、载脂蛋白L1、维生素D结合蛋白、细胞外基质蛋白1、磷脂转运蛋白。冠心病痰瘀互结证组相比于血瘀证组,共鉴定到8个蛋白质下调,6个蛋白质上调。上调的蛋白质包括:IgG的Fc片段受体、Mannosyl-oligosaccharide 1,2-alpha-mannosidase IA、桥粒芯蛋白2、S100A9蛋白、结合珠蛋白相关蛋白、多聚蛋白2;下调的蛋白质包括:二肽基肽酶-Ⅳ、血小板反应蛋白1、免疫球蛋白轻链κ型3-7、胰岛素样生长因子结合蛋白2、血小板因子4、免疫球蛋白重链可变区3-49、免疫球蛋白轻链κ型2-40、氨肽酶N。2.①冠心病血瘀证的关键生物学过程是补体参与的慢性炎症反应,关键信号通路是补体与凝血级联反应的通路,核心靶点是血管性血友病因子和补体因子H。②冠心病痰瘀互结证的核心生物学过程是血小板过度激活与细胞蛋白质代谢异常,其关键信号通路是补体与凝血级联反应的信号通路,生长激素的合成、分泌和作用信号通路,其核心靶点是血管性血友病因子、补体因子H、胰岛素样生长因子1、胰岛素样生长因子2、胰岛素样生长因子结合蛋白3。③冠心病痰瘀互结证和血瘀证表型差异的生物学基础和相关分子靶点尚不明确,可能与炎症和免疫反应有关。结论1.冠心病血瘀证的生物学过程与补体参与的慢性炎症反应有关,补体与凝血级联反应是关键信号通路,补体因子H和血管性血友病因子是核心靶点;2.冠心病痰瘀互结证的生物学过程与血小板过度激活和蛋白质代谢异常有关,补体与凝血级联反应亢进,生长激素的合成、分泌和作用减弱。血管性血友病因子、补体因子H、胰岛素样生长因子1等是其核心靶点;3.冠心病痰瘀互结证和血瘀证的生物学基础比较接近,“痰浊”可能带来更强的免疫炎症反应,或导致“正气减弱”。
滕洪明,崔莹,王樱洁,逄越,李庆伟[3](2021)在《尿液蛋白富集方法的比较》文中研究表明人尿液中蛋白含量低,在进行质谱分析时易被高丰度蛋白掩盖。因此,发展高效和高选择性的富集方法,是实现尿蛋白标记物深度覆盖的必要前提。探究不同实验方法对尿液蛋白富集和尿蛋白质组的影响尤为重要。本研究采用超滤法、硝酸纤维素膜富集法和饱和硫酸铵沉淀法,等体积各处理5例健康志愿者和膀胱癌患者10 mL尿液样本,富集尿液蛋白,SDS-PAGE分离尿蛋白,比较不同方法纯化的效率;通过质谱分析,比较不同纯化方法的肽段鉴定效果,确定针对尿液蛋白质组蛋白的最佳富集方法。相对于超滤和硝酸纤维素膜富集法,饱和硫酸铵沉淀法成功地应用于健康人尿蛋白的富集和质谱检测,在保证回收蛋白质量的前提下,可减少高丰度白蛋白的干扰,富集更多低丰度蛋白,提高了质谱鉴定的灵敏度。综上所述,饱和硫酸铵提取尿蛋白的效果较好,该方法具有大规模处理尿液、提高蛋白质组学筛选临床诊断标记物研究的应用潜力。
胡宇翔[4](2021)在《消防员体能测试后尿液蛋白质组学特征研究》文中研究表明研究目的:良好的体能是消防员顺利完成灭火救援任务的根本保障,对消防员处在灭火任务状态下机体变化特征的探究有利于建立更加接近实战的消防体能训练体系。消防员执行长时间灭火任务后会产生蛋白尿,早期针对尿蛋白的研究多数集中在以蛋白总量是否阳性判断疲劳程度。近年来随着LC-MS和蛋白质组学技术的不断发展,能够将尿液中的各种蛋白质分离并鉴定,可以反映复杂运动形式下机体的变化特征。因此,本研究使用Lable-free蛋白质组学技术对一次符合长时间灭火任务特征的体能测试后消防员尿液进行分析,通过模拟测试评价消防员的体能和运动强度的同时初步探究消防员在体能测试过程中机体能量代谢、生理应激、铁代谢、氧化应激、免疫的变化特征。研究方法:本研究选取上海市10名优秀男性消防员作为受试者,分别在体能测试前后采集他们的尿样。体能测试内容包括基础体能和专项体能,按照PRO灵敏测试、基础力量测试、卷腹、坐位体前屈、300码折返跑、专项灭火任务测试、2400米跑的顺序进行体能测试;记录测试成绩,监测专项灭火任务测试过程中消防员的心率及测试前后血乳酸值。两次尿样分别在测试当天清晨和2400米跑结束后采集,使用Lable-free蛋白质组学技术对尿液进行蛋白质种类和含量检测,运用配对T检验法对蛋白质组学数据进行统计处理,使用KEGG对蛋白质参与的通路进行富集分析。研究结果:(1)消防员基础体能水平:PRO灵敏测试成绩4.94±0.21s;深蹲1RM成绩121.92±15.59kg;卧推1RM成绩80.21±11.64kg;卷腹测试成绩45.00±16.78个;坐位体前屈测试43.75±8.16cm;300码折返跑成绩63.28±3.01s;2400米跑成绩571.87±31.44s。(2)消防员专项体能水平:灭火任务测试低于160s为合格,队员平均成绩174.20±18.89s,有3人通过,7人未通过,通过率为30%。(3)灭火运动强度的测试:在灭火任务测试中消防员的平均心率为170.10±9.63bpm、最大心率为181.40±6.45bpm、最大心率百分比为95.75±0.036%;消防员测试前乳酸值为2.16±0.34 mmol/L、测试后血乳酸值为14.84±2.08mmol/L。(4)消防员尿液蛋白质鉴定结果:测试前消防员尿蛋白0.093±0.0275g/L、测试后尿蛋白0.325±0.1665g/L,有显着性差异,P<0.01,消防员出现蛋白尿。鉴定到蛋白质1947个;按照P<0.05、上调倍数≥2和下调倍数≤0.5,筛选出差异蛋白质625个,其中,360个蛋白质上调,265个蛋白质下调;共富集到7条具有差异的通路。(5)在能量代谢方面,筛选到脂肪氧化分解相关的脂联素、锌α-2-糖蛋白和脂肪运输相关的脂肪酸结合蛋白上调及PPAR代谢通路具有差异;糖异生相关的磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶上调和1,6-二磷酸果糖酶下调。(6)在生理应激方面,筛选到加强糖和脂肪氧化分解相关的甲状腺素、糖皮质激素结合蛋白上调;结合并转运睾酮的性激素结合球蛋白上调;结合并转运胆固醇的载脂蛋白上调及胆固醇代谢通路具有差异;调节血压及肾小管重吸收作用的血管紧张素原上调;反应肾小球通透性的β2-微球蛋白上调,并且与运动后尿蛋白总量具有较强相关性(r=0.659,p=0.038)。(7)在铁代谢方面,检测到氧化二价铁离子的铜蓝蛋白上调;结合并转运三价铁离子的转铁蛋白上调;调节血浆铁水平的铁调素上调。(8)在氧化应激方面,筛选到加速活性氧清除的氧化还原蛋白5、超氧化物歧化酶[Cu-Zn]上调;催化谷胱甘肽氧化的谷胱甘肽过氧化物酶3、谷胱甘肽S-转移酶LANCL1上调。(9)在免疫方面,筛选到炎症因子白介素-1β、肿瘤坏死因子α的结合蛋白及促进炎症因子分泌的α-1酸性糖蛋白上调;调节机体免疫能力的补体蛋白和免疫球蛋白上调及补体和凝血级联通路具有显着性差异。研究结论:(1)体能测试显示,受试消防员的基础体能较NSCA和ACSM参考值尚有差距;专项体能方面,消防员完成灭火任务能力略低于IAFF的要求。可能与日常针对本测试科目的训练较少,消防员尚未很好的适应有关;(2)尿液蛋白组学研究发现,在一次全面的体能测试后,参与脂肪氧化分解的脂联素、锌α-2-糖蛋白增加和运输脂肪的载脂蛋白增加;甲状腺素结合蛋白、糖皮质激素结合球蛋白和性激素结合球蛋白等应激相关蛋白质增加;铁代谢相关蛋白转铁蛋白、铜蓝蛋白、铁调素增加;抗氧化应激蛋白氧化还原蛋白5、超氧化物歧化酶[Cu-Zn]、谷胱甘肽过氧化物酶3和谷胱甘肽S-转移酶LANCL1增加;白介素-1β、肿瘤坏死因子α相关炎症蛋白增加。(3)本研究提示,消防员执行长时间灭火任务后可能对机体的有氧代谢、应激反应、炎症反应、抗氧化应激、铁代谢等蛋白和相关通路产生生理范围的波动,其中β2-微球蛋白与运动后尿蛋白总量具有较强相关性,有可能作为监控疲劳的指标,需进一步验证。
秦申奥[5](2021)在《马拉松运动前后男性业余选手尿液蛋白质组学和代谢组学的研究》文中提出研究目的近年来,蛋白质组学和代谢组学等组学技术的出现和快速发展极大地推动了运动生理学的研究进程。马拉松运动作为典型的有氧代谢供能为主的中等强度耐力性项目,目前国内外尚无马拉松运动相关的多组学研究,其运动前后涉及的生物学过程有待进一步探究。本实验通过蛋白质组学和代谢组学检测,对比男性业余选手在马拉松运动前后尿液的蛋白质组和代谢组,筛选出若干差异蛋白和差异代谢物,分别从蛋白质水平和代谢水平上反映马拉松运动所涉及的生物学过程,从而为马拉松运动的日常训练和赛后恢复提供理论参考和针对性建议。研究方法选取12名参加2019年上海马拉松的男性业余选手,分别于马拉松赛前一天和赛后5小时收集尿液。通过Ultimate 3000纳升级液相色谱(Thermo Scientific,USA)和Q Exactive TM HF-X高分辨质谱(Thermo Scientific,USA)进行蛋白质组学检测。采用主成分分析和正交偏最小二乘法判别分析方法,对马拉松运动前后尿液的蛋白质组进行差异分析,筛选出若干差异蛋白。将筛选出的差异蛋白进行GO功能富集分析,得到差异蛋白所涉及的分子生物学功能(MF)、生物学过程(BP)和细胞组分(CC)。将筛选出的差异蛋白进行KEGG富集分析,得到差异蛋白所涉及的KEGG代谢通路。通过LC-30A超高效液相色谱(SHIMADZU,Japan)和Triple TOF 6600质谱(SCIEX,USA)进行非靶向代谢组学检测。采用主成分分析和正交偏最小二乘法判别分析方法,对马拉松运动前后尿液的代谢组进行差异分析,筛选出若干差异代谢物。将筛选出的差异代谢物进行代谢通路分析,得到差异代谢物所涉及的差异代谢通路。研究结果(1)马拉松运动前后尿液蛋白质组分组明显,筛选出150种差异蛋白,其中85种上调差异蛋白和65种下调差异蛋白,包括肌肉损伤相关的TTN蛋白、心血管系统相关的DDAH蛋白、免疫调节相关的补体蛋白和免疫球蛋白等。通过GO功能富集分析,发现上调差异蛋白主要涉及金属离子结合、ATP结合、抗原结合、丝氨酸型内肽酶活性、蛋白酶结合、转运活性、信号受体结合等分子功能,参与受体介导的内吞作用、免疫调节、补体激活、细胞黏附等生物学过程;下调差异蛋白主要涉及钙离子结合、金属离子结合、ATP结合、蛋白激酶结合等分子功能,参与细胞黏附、信号转导、蛋白质转运、多囊体组装等生物学过程。通过KEGG富集分析,发现差异蛋白主要参与了补体和凝血级联系统、ECM-受体相互作用、内分泌和其他因子调节的钙重吸收等5个过程。(2)马拉松运动前后尿液代谢组分组明显,筛选出19种差异代谢物,其中7种上调差异代谢物和12种下调差异代谢物。通过代谢通路分析,发现在马拉松运动前后,氨酰-t RNA生物合成、氨基酸代谢(甘氨酸、丝氨酸、苏氨酸、缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、丙氨酸、天冬氨酸、谷氨酸、苯丙氨酸、酪氨酸、色氨酸)、泛酸和辅酶A生物合成和核黄素代谢等代谢通路存在显着差异。(3)马拉松运动前后尿液的差异蛋白和差异代谢物共同参与了免疫调节、一碳代谢、甘油磷脂代谢等生物学过程。研究结论本研究将蛋白质组学和代谢组学相结合,探究了男性业余选手在马拉松运动前后所涉及的生物学过程。马拉松运动前后尿液的蛋白质组和代谢组区分明显,说明马拉松运动前后代谢特征存在差异。筛选出马拉松运动前后尿液中的150种差异蛋白和19种差异代谢物,分别从蛋白质水平和代谢水平上反映了马拉松运动所涉及的肌肉损伤、心血管系统、免疫调节、脂肪代谢、氨基酸代谢等生物学过程,可为马拉松运动的日常训练和赛后恢复提供理论参考和针对性建议。
海勒[6](2021)在《骆驼尿液蛋白质及代谢组学分析及其对CCl4诱导小鼠肝损伤保护作用的研究》文中研究说明肝脏是代谢内源性和外源性物质的重要器官,多种刺激因素(如病毒感染、肝毒性物质或肝脏缺血再灌注等)均可引起急性肝功能不全,而长期反复的损伤会引起慢性肝损伤进而导致肝纤维化、肝硬化甚至肝癌和肝衰竭。因此,预防和控制肝损伤的发生和发展对肝病的治疗具有重要的临床意义。骆驼尿液具有抗癌、抗菌、抗血小板等活性,可以用于治疗和预防癌症、肝损伤、痢疾等疾病。目前关于骆驼尿液抗肝损伤作用机理的研究较少。因此,本研究首先通过蛋白质组学及代谢组学技术全面揭示骆驼尿液蛋白质及代谢物的组成及其功能。其次,利用CCl4建立小鼠急性和慢性肝损伤模型,通过对小鼠血清生化指标(ALT、AST和TBA)、肝脏抗氧化应激指标(MDA、GSH、SOD、CAT和GSH-px)和组织病理学分析,并结合小鼠肝脏转录组学分析研究骆驼尿液对肝损伤的保护作用及其分子机制。本研究不仅为进一步揭示骆驼尿液的抗肝损伤作用机理提供了理论基础,还将为后续筛选和开发骆驼尿液抗肝损伤活性组分和制品奠定了基础。主要研究结果如下:(1)通过LC-MS质谱测定骆驼尿液蛋白质组,共鉴定出827个蛋白质。GO功能分析发现,有357个蛋白质参与免疫系统过程;27个蛋白质参与排毒过程;27个蛋白质具有抗氧化活性。而KEGG通路分析发现这些蛋白质主要参与补体和凝血级联通路(54个蛋白)、PI3K-Akt信号通路(47个蛋白)和溶酶体(43个蛋白)等信号通路。其中有一些高丰度蛋白质参与免疫应答或具有抗菌活性,从而起到保证尿液的无菌性。与此同时,在参与排毒过程的27个蛋白质中主要为谷胱甘肽代谢相关蛋白;此外,还有一些具有抗氧化活性的蛋白质如(SOD、GSH、PRDX和GPX等)。结果表明,这些具有抗氧化和解毒功能的蛋白质与骆驼尿液的抗氧化活性相关。(2)通过LC-MS进行骆驼尿液的非靶向代谢组检测分析,共鉴定出245个可信度高的代谢物,包括了氨基酸,脂肪酸,小分子羧酸等。其中含有一些具有生物活性的代谢物质,包括:原儿茶酸,间苯二酚、胆酸、右旋布洛芬等。据研究报道,这些化合物具有抗氧化,抗菌,抗炎,抗痉挛和抗癌等作用。此外,原儿茶酸、甜菜碱、紫苏醇以及姜油酮具有不同程度的保肝护肝的作用。结果提示这些活性代谢物在骆驼尿液抗肝损伤活性中起到一定作用。(3)在急性肝损伤研究中,通过对小鼠生化指标检测和组织病理学分析,发现与模型组比较,驼尿组血清ALT、AST、TBA、炎症因子(IL-1β,TNF-α和IL-6)和肝脏MDA水平显着降低,而肝脏SOD活性和GSH水平显着升高,提示骆驼尿液能够抑制肝脏脂质过氧化物及促炎因子的产生。通过转录组测序发现,驼尿组与急性肝损伤模型组的1790个差异基因显着富集到MAPK信号通路、胆汁酸分泌通路、谷胱甘肽等41条通路中。尿组GPX7、Pdia5、Pdia4、Ggt、Anpep、Idh1和Nat8的m RNA表达显着增加,提示骆驼尿可能是通过促进谷胱甘肽的合成,提高小鼠肝脏抗氧化能力从而起到抗氧化应激作用。此外,在驼尿组中胆汁酸分泌相关14个基因的表达被逆转。提示骆驼尿液可能是通过抑制FXR和SHP的过度下调和进一步调节转运体的表达改变胆汁酸的合成和转运,从而起到保护肝脏的作用。研究结果表明,骆驼尿液通过促进谷胱甘肽合成和代谢、调节胆汁的分泌和转运起到缓解CCl4诱导的小鼠肝损伤及脂质过氧化反应的作用。(4)在慢性肝损伤研究中,小鼠生化指标结果显示骆驼尿液能够有效改善CCl4引起的ALT与AST水平紊乱、提高肝组织抗氧化能力。同时组织学分析结果显示,驼尿处理显着减少CCl4引起的胶原沉积和细胞凋亡,改善肝脏组织学形态,可减轻肝损伤程度及预防肝纤维化的形成。转录组学分析结果显示,714个差异基因显着富集到Cell cycle、ECM-receptor interaction、Glutathione metabolism等14条通路中。骆驼尿液显着抑制了肝脏ECM-受体相关8个基因以及细胞周期相关基因(cyclins A1,cyclins B1,cyclins B2和CDK1)的m RNA表达。结果表明,骆驼尿液通过抑制HSC的活化使其阻滞在G2/M期从而减少肝组织中胶原的积累,起到预防和治疗肝纤维化的作用。
王兴龙[7](2021)在《微纳材料表面抗体固定及高灵敏数字ELISA应用》文中研究表明抗体功能化微纳材料因其亲和力和特异性的优势被广泛应用于临床诊断、生物分离纯化和环境与食品检测等领域,其中材料表面抗体分子状态(密度、取向等)的调控、非特异性吸附是开发抗体功能化材料的关键科学问题。本文制备了一系列不同电性高分子刷修饰的纳米粒子,通过物理吸附固定抗HCG抗体。考察了抗体种类、电荷密度、溶液离子强度、p H和复杂生化液体等多种因素对抗体固定及其抗原结合活性影响;选择最佳孵育条件用于竞争性ELISA(Enzyme Linked Immunosorbent Assay)。此外还探索了利用高灵敏数字ELISA检测白介素-17A(IL-17A)的实验条件。首先,选取了十种单体(正电性、负电性和两性),采用原子转移自由基聚合(ATRP)在纳米粒子表面生长高分子刷,制备了一系列不同电性和电荷密度的纳米粒子。正电荷密度变化范围为26.9±1.2 m V(Si-pDEAEMA)至43.7±1.6 m V(Si-pAGE),负电荷密度变化范围-20.9±2.4 m V(Si-pMA)至-40.4±1.8 m V(Si-pHEMA)。其次,通过物理吸附在不同电性和电荷密度的纳米粒子表面固定抗体。实验表明抗体在正电荷纳米粒子表面倾向于Fab朝外,随纳米粒子正电荷密度升高抗体固定量减少,抗原结合强度先增大后减小;在负电荷纳米粒子表面抗体取向随负电荷密度的增高逐渐趋向于Fc片段朝外,两种抗体固定量均逐渐增加,抗原结合强度先减小后增大。比较纳米粒子的Kd值,抗体选择抗α-HCG抗体,材料选择Si-pDMAEA与Si-pMA依次考察p H、离子强度与纳米粒子粒径对抗原结合强度的影响。在pH 6.1,溶液离子强度为0.05%条件下,Si-pDMAEA(24 h)与Si-pMA(24 h)条件下,抗原结合强度最强。将最优条件用于竞争性ELISA,两种材料检测下限为5.83 m IU/m L(Si-pDMAEA)与6.45m IU/m(Si-pMA)。人工尿液孵育后,抗体固定量减少,抗原结合强度降低。最后,研究了高灵敏数字ELISA检测白介素-17A的多种条件。考察了铁磁性微球免疫复合物形成的条件,包括孵育方法、检测抗体与链霉亲和素-β-半乳糖苷酶偶联物浓度、孵育时间,并对检测的重现性做出评价。通过比较R2、C计算/C实际和变异系数(CV值)来确定最佳孵育条件:免疫复合物两步法孵育、检测抗体浓度为0.3μg/m L、SβG浓度为40 p M、孵育为2 h。IL-17A样品重复实验5次,CV值变化范围在1.98-9.78%,具有较好的重现性。检测下限(LOD)为0.1 pg/m L,对标市售的IL-17A ELISA试剂盒降低了180倍。
秦爽[8](2021)在《湿疹湿证的临床观察及尿液代谢组学研究》文中指出目的:1.通过纳入健康受试者及湿疹各证型患者,并对湿热浸淫证和脾虚湿蕴证患者予以辨证治疗,分析各组人群情况,并探讨辨证治疗的临床疗效。2.通过对健康有湿人群和无湿人群尿液的代谢组学检测和分析,探讨湿和非湿人群尿液代谢特征,寻找湿证潜在的生物标志物。3.以苔腻、齿痕舌、便溏3个湿证症状和体征的有无对纳入人群进行分组,通过组间分析,寻找各症状和体征的潜在生物标志物。4.通过对湿疹湿热浸淫证和脾虚湿蕴证患者治疗前后尿液的代谢组学检测和分析,探讨湿疹人群及其不同证型患者治疗前后尿液代谢特征,寻找湿疹不同证型的差异性代谢物、发病和治疗机制。5.通过对湿疹湿热浸淫证和脾虚湿蕴证患者治疗前后尿液的靶向氨基酸检测和分析,探讨湿疹不同证型治疗前后氨基酸代谢水平变化,从氨基酸代谢角度探讨湿疹不同证型的代谢特征、发病和治疗机制。方法:1.临床研究:所有受试者来源于2020年6月2021年1月广东省中医院皮肤科就诊的湿疹患者以及招募的健康志愿者。共纳入符合湿疹的诊断标准(参照《临床皮肤病学》(赵辨主编,江苏科学技术出版社,2010年第4版))的湿疹患者208例,对患者运用湿疹面积及严重度指数(EASI)、研究者整体评价(IGA)、湿疹病人自我量表(POEM)、皮肤生活质量指数问卷(DLQI/CDLQI)、Visual Analog Scale 评价(VAS)等量表评估病情,并填写湿疹相关调查问卷;纳入符合标准的健康对照者50例,填写湿证及临床相关调查问卷,采集所有受试者尿液标本。参照2016年中华中医药学会皮肤科分会湿疹(湿疮)中医诊疗专家共识为湿疹患者湿热浸淫证和脾虚湿蕴证进行分型,并分别予龙胆泻肝汤、除湿胃苓汤/参苓白术散辨证治疗,共治疗8周,观察时点为第2周、第4周、第6周和第8周,在各时点分别记录分析患者的EASI、IGA、POEM、DLQI/CDLQI评分、VAS法评价的瘙痒和睡眠评分,采集各时点湿疹患者尿液标本。2.代谢组学检测分析:将采集到的尿液标本外送至武汉迈特维尔生物科技有限公司实验室进行尿液代谢组学检测,将检测所得的数据与临床资料相结合,以fold change(FC)≥1.2或≤0.83并且P<0.05为筛选标准,分析健康有湿人群和非湿证人群、不同湿证症状和体征人群、湿疹人群以及湿疹湿热浸淫证组和脾虚湿蕴证组患者治疗前后的尿液差异性代谢物及代谢通路。3.靶向氨基酸检测分析:将采集到的部分尿液标本外送至武汉迈特维尔生物科技有限公司实验室进行尿液靶向氨基酸检测,将检测所得的数据与临床资料相结合,以fold change(FC)≥1.2或≤0.83并且P<0.05为筛选标准,分析湿疹湿热浸淫证组和脾虚湿蕴证组患者治疗前后的尿液差异性氨基酸及代谢通路。结果:1.辨证治疗方面,与治疗前相比,湿热浸淫组使用龙胆泻肝汤治疗2周、4周、6周和8周后,受试者的EASI评分、POEM评分、IGA分级、瘙痒评分、失眠评分、DLQI/CDLQI评分、湿证评分均随治疗时间增加呈降低趋势,对于改善湿疹患者病情严重程度和提高生活质量等方面作用明显。临床观察和数据统计发现,使用龙胆泻肝汤治疗湿热浸淫证的湿疹达到最佳疗效时间基本是在第4周。脾虚湿蕴组使用除湿胃苓汤或参苓白术散治疗2周、4周、6周和8周后,患者的EASI评分、POEM评分、IGA分级、瘙痒评分、DLQI/CDLQI评分、湿证评分随治疗时间增加均呈降低趋势,但失眠评分方面,疗后8周与疗前比较,差异有统计学意义(P<0.05),但疗后2周、4周、6周与疗前比较,差异无统计学意义(P>0.05)。安全性评价方面,两组病人在整个干预过程中均未出现明显不良反应。完成临床观察的湿疹患者治疗前及治疗后的血常规、肝功能、肾功能均未见异常。2.通过对健康组、湿疹治疗前及治疗后尿液代谢物构建OPLS-DA模型分析,三组的尿液代谢物可明显分离,湿疹治疗前后的尿液代谢物也有明显分离趋势,并有向健康组回归的趋势。3.湿证方面,通过对健康无湿人群组和健康有湿人群组的尿液差异性代谢物进行分析,共找到湿证潜在生物标志物70个,其中有22个代谢物上调,48个代谢物下调。这些差异性代谢物共涉及13条代谢通路,其中P<0.05的通路有酪氨酸代谢、视黄醇代谢、叶酸生物合成这3条代谢通路。甲状腺素和3-碘化酪氨酸富集在酪氨酸代谢通路上,在健康无湿人群中尿液的含量要高于健康有湿人群,差异有统计学意义(P<0.05);肾上腺素也富集在酪氨酸代谢通路上,在健康有湿人群中尿液的含量要高于健康无湿人群,差异有统计学意义(P<0.05);11-顺视黄醇富集在视黄醇代谢通路上,在健康无湿人群中尿液的含量要高于健康有湿人群,差异有统计学意义(P<0.05);二氢叶酸富集在叶酸生物合成通路上,在健康有湿人群中尿液的含量要高于健康无湿人群,差异有统计学意义(P<0.05)。4.湿证症状和体征方面,1,5-戊二胺(1,5-Diaminopentane)和鞘氨醇(Sphingosine)与苔腻关系非常密切,并且在无苔腻人群尿液中的含量均高于有苔腻人群,差异均有统计学意义(P<0.05)。二氢尿嘧啶(Dihydrouracil)与齿痕舌密切相关,并且在无齿痕舌人群尿液中的含量要明显高于有齿痕舌人群,差异有统计学意义(P<0.05)。与大便溏关系密切的尿液代谢物为吲哚-3-乙酸甲酯(Methyl Indole-3-Acetate)和 6-({2-[4,6-dihydroxy-2-methoxy-3-(3-methylbut-2-en-1-yl)phenyl]-2-hydroxyacetyl}oxy)-3,4,5-trihydroxyoxane-2-carboxylic acid,后者在便溏人群尿液中的含量高于无便溏人群,差异有统计学意义(P<0.05)。5.湿疹差异性代谢物共205个,其中,属于有机酸及其衍生物类代谢物有19个,属于氨基酸及其代谢物类的代谢物有17个,属于脂肪酰类代谢物有13个,属于核苷酸及其代谢物类代谢物有10个,属于苯及其衍生物类代谢物有7个,属于碳水化合物及其代谢物类代谢物有7个,属于杂环化合物类代谢物有7个,属于胆汁酸类代谢物有6个,属于辅酶和维生素类代谢物有5个,属于氧化脂质类代谢物有4个,等。和健康组相比,湿疹组有89个代谢物上调,116个代谢物下调。湿热浸淫证治疗前后差异性代谢物共307个。其中,属于氨基酸及其代谢物类的代谢物有32个,属于有机酸及其衍生物类代谢物有23个,属于核苷酸及其代谢物类代谢物有17个,属于苯及其衍生物类代谢物有15个,属于碳水化合物及其代谢物类代谢物有12个,属于杂环化合物类代谢物有10个,属于脂肪酰类代谢物有9个,属于醇、胺类代谢物有8个,属于激素及激素相关物质类代谢物有7个,属于醛、酮、酯类代谢物有4个,属于辅酶和维生素类代谢物有3个,属于胆汁酸类代谢物有3个,属于氧化脂质类代谢物有2个,等。和治疗前相比,治疗后有44个代谢物上调,263个代谢物下调。取二组差异性代谢物的交集,并剔除调节方向无意义的代谢物。共得到湿疹湿热浸淫证治疗前后差异性代谢物36个,并在治疗后均呈下调趋势,共涉及7条代谢通路。综合P值与impact值,牛磺酸和次牛黄酸代谢通路意义较大,富集在此通路上的牛磺酸在湿疹湿热浸淫证患者治疗前尿液中的水平要明显高于健康组,差异有统计学意义(P<0.01),治疗后水平明显降低,差异有统计学意义(P<0.05),而与健康组相比差异无明显统计学差异(P=0.53>0.05)。6.脾虚湿蕴证治疗前后差异性代谢物共102个。属于有机酸及其衍生物类代谢物有7个,属于核苷酸及其代谢物类代谢物有7个,属于氨基酸及其代谢物类的代谢物有6个,属于甘油磷脂类代谢物有4个,属于碳水化合物及其代谢物类代谢物有3个,属于辅酶和维生素类代谢物有3个,属于杂环化合物类代谢物有3个,属于脂肪酰类代谢物有2个,属于激素及激素相关物质类代谢物有2个,属于醛、酮、酯类代谢物有1个,等。和治疗前相比,治疗后有23个代谢物上调,79个代谢物下调。取湿疹差异代谢物和脾虚湿蕴证治疗前后差异性代谢物的交集,共得到湿疹脾虚湿蕴证治疗前后差异性代谢物37个,其中有11个代谢物在治疗后上调,26个代谢物下调,共涉及12条代谢通路。综合P值与impact值,精氨酸生物合成通路、烟酸酯和烟酰胺代谢通路意义较大,富集在精氨酸生物合成通路上的氨基甲酰磷酸酯在治疗后水平明显升高,差异有统计学意义(P<0.01);富集在烟酸酯和烟酰胺代谢通路上的烟酰胺在治疗前水平明显低于健康组,差异有统计学意义(P<0.05),辨证治疗后水平明显升高,与治疗前相比差异有统计学意义(P<0.01),而与健康组相比差异无明显统计学差异(P>0.05)。7.氨基酸检测方面,通过对湿热浸淫证和脾虚湿蕴组证湿疹患者治疗前后的尿液氨基酸代谢进行定量检测和分析,湿热浸淫组共筛选出38个差异氨基酸,并且在治疗后均呈下调趋势,共涉及28条通路;脾虚湿蕴组共筛选出28个差异氨基酸,均在治疗后呈下调趋势,共涉及29条通路。结论:1.临床观察方面,中医辨证治疗可以明显改善湿疹各证型病情,提高生活质量。其中,龙胆泻肝汤治疗湿热浸淫证湿疹患者的最佳时间约为4周。2.湿证人群可能存在酪氨酸代谢紊乱,其发生机制可能与机体新陈代谢缓慢、肾上腺素的调节有关,甲状腺素、3-碘化酪氨酸、肾上腺素是重要靶点。3.湿证症状和体征方面,苔腻的有无与1,5-戊二胺和鞘氨醇呈负相关性,腻苔的产生可能与能量的循环和脂代谢的异常有关。4.非靶向代谢组学方面,湿疹湿热浸淫证的治疗机制可能与牛磺酸和次牛磺酸代谢通路关系密切,牛磺酸可能是通路中的一个重要靶点。湿疹脾虚湿蕴证的治疗可能与精氨酸生物合成通路相关,氨基甲酰磷酸酯是值得关注的靶点。5.靶向氨基酸研究方面,苯丙氨酸、酪氨酸和色氨酸的生物合成通路和苯丙氨酸代谢通路可能参与湿热浸淫证的发病和治疗,其机制可能与干预神经递质的合成和释放相关;脾虚湿蕴证的发病和治疗可能是甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸代谢通路、丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酰胺代谢通路和乙醛酸和二羧酸代谢通路相关,其机制可能与抗炎、调节免疫及能量的代谢有关。
邵丹[9](2021)在《基于数据分析的入体液分泌蛋白预测研究》文中研究指明几十年来,蛋白质组学的应用已经跨越了生物医学和生物化学研究的不同领域,体液也成为重要的研究目标。蛋白质在体液中的异常表达与许多疾病密切相关,是理想的疾病潜在生物标志物。利用体液中的蛋白进行疾病的早期检测,被认为是一种替代手术的无创诊断方法,在临床应用中具有重要意义。现代蛋白质组学工具为入体液蛋白研究积累了大量的成果,在人体主要体液中已检测到超过15,000种不同的蛋白质。与此同时,一些公开的体液相关的蛋白质数据库也相继出现,加速了入体液分泌蛋白的研究。然而,这些数据库大都基于单一体液开发,缺少将已发表的入体液蛋白统一汇总的资源库。此外,由于蛋白质的复杂性以及生物实验的高成本,大规模蛋白质鉴定仍然面临着挑战。为此,利用统计和机器学习方法对入体液分泌蛋白预测成为一种辅助手段。在过去的十年中,运用支持向量机(Support Vector Machine,SVM)、排序(Ranking)、蛋白–蛋白相互作用网络(Protein-Protein Network,PPI)对入体液分泌蛋白预测上取得了初步成功。随着数据样本的日益丰富,深度学习(Deep Learning,DL)处理大型数据集的能力逐渐得到关注。与此同时,高性能计算机硬件的发展,也为数值密集型计算提供了技术支持。用深度学习代替传统的机器学习预测入体液分泌蛋白,是一种新的研究思路,值得深入研究。为此,本文在入体液蛋白的数据搜集与分析基础上,提出了基于蛋白质通用特征的入血液分泌蛋白预测模型,通过对该模型不断优化,进而提出了基于蛋白质序列特征的入12种体液蛋白预测模型。主要研究内容如下:1.对入体液分泌蛋白数据的搜集与分析。蛋白质组学技术的早期成功为不同体液积累了大量被鉴定的蛋白质,其中富含潜在的生物标志物。对已报道的不同体液中鉴定的蛋白质进行资源整合和分析,将为入体液分泌蛋白研究提供重要的科学依据。然而,尽管有少量的特定数据资源,目前仍然缺少将已发表的入体液蛋白汇总的资源库。本文首先对医学领域常用的17种体液中被报道的蛋白质进行搜集及处理,并在此基础上对数据进行整理和分析。其次,提出了蛋白质入体液的置信度评价方法,应用蛋白检测的丰度信息和蛋白鉴定方法作为评价依据。最后,将研究成果形成资源库在线发布实现资源共享。本文总计搜集了241篇文献报道的146,018个蛋白质,共计15,480个非冗余蛋白质,同时提供免费的在线查询平台:https://bmbl.bmi.osumc.edu/HBFP/。2.提出了基于蛋白质通用特征的入血液蛋白预测方法。血液是一种重要的临床标本,在疾病诊断和治疗监测中具有重要的作用。传统的机器学习方法在早期蛋白质样本量较小的前提下取得了相对较好的预测效果。然而,随着数据样本的日益丰富,对模型的计算能力提出了更高要求。深度学习在生物医学领域取得的巨大成功,已经证实了其在处理大型数据集方面的优势。本文利用深度神经网络(Deep Neural Networks,DNN)搭建基于蛋白质通用特征的入血液分泌蛋白预测模型。为了提高模型的计算效果,使用t检验(t-test)、错误发现率(False Discovery Rate,FDR)和递归特性消除(Recursive Feature Elimination,RFE)方法进行特征选择。模型在训练集、验证集和测试集的平均曲线下面积(Area Under Curve,AUC)分别为90.43%、89.83%和87.86%。结果证明,基于DNN的模型能够为入血液蛋白质预测提供一种新的可信度较高的方法。这一研究结果为入体液分泌蛋白的预测方法带来了新的研究思路。3.提出了基于蛋白质序列特征的入12种体液分泌蛋白预测方法—DeepSec。尽管蛋白质通用特征在入体液蛋白预测中被广泛使用,但由于缺乏特征与体液关联度的认知,导致特征搜集是盲目的。此外,特征选择的结果仍然需要人工干预。蛋白质序列的组成作为蛋白质独有的特征,已在蛋白质预测的其他应用中取得了显着的成绩。本方法采用一种全新的策略,对已搜集的蛋白质数量超过1000的12种体液的蛋白分泌情况进行预测。以蛋白质序列位置特异性评分矩阵(protein sequence position-specific scoring matrix,PSSM)作为输入,使用卷积神经网络(Convolutional Neural Network,CNN)学习抽象的序列特征,双向门控回归单元(Bidirectional Gated Recurrent Unit,BGRU)和全连接层进行蛋白质的分类,实现了端到端的预测模型。DeepSec在12种体液中的AUC结果为0.850.94(最高为入血液)。该结果表明,DeepSec比当前所有的入体液蛋白预测方法具有更好的预测能力,特别是入血液蛋白预测。此外,将DeepSec应用于人体癌症组学数据库(The Cancer Genome Atlas,TCGA)中肾癌潜在生物标志物的预测,成功预测了104个潜在的血液中肾癌生物标志物。DeepSec在线访问平台为https://bmbl.bmi.osumc.edu/deepsec/。本文对人体入体液蛋白的研究发展进行全面的背景研究,通过搜集及分析不同体液中的蛋白及其丰度信息,提出了蛋白入体液的置信度评价方法,为临床蛋白质组学和生物标志物的发现提供科学依据;提出基于深度学习技术的入体液分泌蛋白的预测模型,为入体液蛋白质组预测提供了高置信度的方法,为入体液蛋白质组学的研究提供了重要的辅助参考,具有广泛的应用前景。
和书航,陈路路,秦亮,戴晓艳,邱凯笛,陈涤凡,王晓东[10](2021)在《糖尿病肾病蛋白质组学研究进展》文中提出糖尿病肾病(diabetic kidney disease, DKD)是糖尿病的主要并发症之一,严重威胁人类健康与生命.截至目前, DKD的致病机制尚未阐释清楚,且临床常用诊断方法的灵敏性和准确性并不十分理想,从而导致DKD确诊后治疗方案的确定比一般性肾脏疾病更为棘手.蛋白质作为生命活动的主要承担者与体现者,直接参与和调控各种生命过程.从蛋白质组学水平开展DKD研究,能够从整体、动态、互作网络等视角探究该疾病相关分子机制.针对不同生理病理条件下的DKD临床样本开展蛋白质组学研究,可全面探查与DKD显着相关的关键蛋白质;通过对这些蛋白质进行深入分析和验证,能够更直观地理解DKD发生发展的分子机制,并获得DKD进程相关候选标志物和后续疾病的潜在治疗靶点,为DKD的早期诊断和治疗新方法的探究奠定基础.近年来,随着蛋白质组学技术的不断发展,在蛋白质分离、质谱鉴定、生物信息学分析等蛋白质组学核心技术基础上衍生出了许多新兴技术,进一步推动了蛋白质组学在疾病生物标志物筛选、致病分子机制揭示、药物作用蛋白质靶点等研究中的应用.本文基于蛋白质组学研究技术,主要从DKD致病机制研究、早期诊断潜在生物标志物筛选、治疗靶点及效果评估三个方面对蛋白质组学在DKD研究中的应用进展进行了系统性综述.尽管蛋白质组学在DKD研究中取得了长足的进步,但仍具有较大的发展空间,特别是现已识别的大量潜在DKD分子标志物的相关性分析、药物蛋白质作用靶点临床验证与应用将是DKD未来研究的重点.
二、尿液蛋白质的检测及临床评价(论文开题报告)
(1)论文研究背景及目的
此处内容要求:
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景,再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题,并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例:
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
(2)本文研究方法
调查法:该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法:用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法:通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法:通过调查文献来获得资料,从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法:依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法:对研究对象进行“质”的方面的研究,这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法:通过具体的数字,使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法:运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法:这是社会科学用来分析社会现象的一种方法,从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法:通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、尿液蛋白质的检测及临床评价(论文提纲范文)
(1)尿蛋白组学现代化检测技术及其在运动中的应用(论文提纲范文)
1 运动员尿蛋白测试与分析 |
1.1 尿蛋白定性检测 |
1.2 尿蛋白定量检测 |
2 尿蛋白组学测试技术 |
2.1 双向凝胶电泳(2-DE)技术 |
2.2 相对和绝对定量同位素标记(i TRAQ)技术 |
2.3 数据非依赖性采集(DIA)技术 |
3 尿蛋白组学技术在运动训练中的应用 |
3.1 评定不同运动负荷 |
3.2 运动性疲劳标志物 |
3.3 运动员体能生化评定 |
4 尿蛋白组学技术在运动训练中的展望 |
5 小结 |
(2)稳定性冠心病痰瘀互结证与血瘀证的DIA定量蛋白质组学研究(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
英文缩略词 |
文献综述 |
综述一、蛋白质组学在冠心病领域的应用 |
1 蛋白质组学的技术体系概述 |
1.1 蛋白质的分离与鉴定 |
1.2 定性蛋白质组学与定量蛋白质组学 |
2 蛋白质组学在冠心病研究中的应用 |
2.1 冠心病的血液蛋白质组学研究 |
2.2 冠心病的尿液蛋白质组学研究 |
2.3 冠心病的组织蛋白质组学研究 |
参考文献 |
综述二、冠心病不同中医证候的蛋白质组学研究现状 |
1 血瘀证相关蛋白质 |
2 痰瘀互结证相关蛋白质 |
3 心气虚弱证与气虚血瘀证相关蛋白质 |
4 心肾阴虚证与肾虚血瘀证相关蛋白质 |
5 小结 |
参考文献 |
前言 |
研究一、基于DIA的冠心病痰瘀互结证与血瘀证的蛋白质测序 |
1 样本量及来源 |
2 纳入及排除标准 |
2.1 病例纳入标准 |
2.2 病例排除标准 |
2.3 健康对照组纳入标准 |
3 知情同意 |
4 标本采集 |
5 实验材料 |
5.1 主要试剂与耗材 |
5.2 主要仪器 |
6 实验方法 |
6.1 蛋白质提取 |
6.2 测定蛋白浓度值 |
6.3 SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳 |
6.4 胰蛋白酶酶解 |
6.5 肽段除盐 |
6.6 LC-MS/MS高分辨质谱检测 |
6.7 数据解析 |
7 统计学分析 |
8.结果 |
8.1 一般情况 |
8.2 不同阈值的差异蛋白质表达统计 |
8.3 不同组的差异蛋白质统计结果 |
9 讨论 |
9.1 冠心病痰瘀互结证相关的蛋白质 |
9.2 冠心病血瘀证相关的蛋白质 |
9.3 冠心病痰瘀互结证与血瘀证的差异蛋白质 |
参考文献 |
研究二 冠心病痰瘀互结证与血瘀证的差异蛋白质功能分析 |
1 材料与方法 |
1.1 GO功能富集分析 |
1.2 KEGG信号通路图查询 |
1.3 蛋白质互作网络分析 |
2 结果 |
2.1 基因GO功能富集分析 |
2.2 KEGG信号通路图查询 |
2.3 蛋白质互作网络分析 |
3 讨论 |
3.1 冠心病痰瘀互结证相关的关键通路和靶点 |
3.2 冠心病血瘀证相关的关键通路和靶点 |
3.3 冠心病痰瘀互结证与血瘀证证候差异的生物学内涵 |
3.4 展望 |
参考文献 |
论文总结 |
致谢 |
个人简历 |
(4)消防员体能测试后尿液蛋白质组学特征研究(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
前言 |
1 文献综述 |
1.1 消防员体能 |
1.1.1 消防员体能训练研究现状 |
1.1.2 消防员体能测试研究现状 |
1.2 消防员体能测试机体特征 |
1.2.1 运动过程中的能量代谢 |
1.2.2 灭火过程中生理应激 |
1.2.3 运动过程中的氧化应激 |
1.2.4 运动后的免疫应答 |
1.3 蛋白质组学 |
1.3.1 蛋白质组学概述 |
1.3.2 蛋白质组学研究方法 |
1.3.3 蛋白质组学在体育科学中的应用 |
2 研究对象和方法 |
2.1 实验对象 |
2.2 体能测试 |
2.2.1 基础体能测试 |
2.2.2 专项体能测试 |
2.3 尿液蛋白组学分析 |
2.3.1 尿液样本采集和实验流程图 |
2.3.2 尿液前处理 |
2.3.3 上机样本准备 |
2.3.4 LC-MS分析 |
2.3.5 主要仪器设备和试剂、耗材 |
2.4 数据处理 |
3 实验结果 |
3.1 基础体能测试结果 |
3.2 专项体能测试结果 |
3.3 尿液蛋白质鉴定结果 |
3.4 差异蛋白筛选结果 |
3.5 KEGG差异通路富集结果 |
3.6 GO功能富集结果 |
4 分析与讨论 |
4.1 消防员基础体能分析 |
4.2 消防员专项体能分析 |
4.3 消防员能量代谢分析 |
4.4 消防员生理应激分析 |
4.5 消防员铁代谢分析 |
4.6 消防员氧化应激分析 |
4.7 消防员免疫分析 |
5 结论 |
6 建议、局限与展望 |
6.1 建议 |
6.2 局限与展望 |
参考文献 |
附录:中英文对照表 |
致谢 |
(5)马拉松运动前后男性业余选手尿液蛋白质组学和代谢组学的研究(论文提纲范文)
摘要 |
ABSTRACT |
英文缩略词表 |
1 前言 |
1.1 问题的提出及研究背景 |
1.2 研究目的及意义 |
1.3 研究假设 |
1.4 研究技术路线图 |
2 文献综述 |
2.1 马拉松运动 |
2.1.1 马拉松运动概述 |
2.1.2 马拉松运动的生理特点 |
2.2 蛋白质组学 |
2.2.1 蛋白质组学的概念 |
2.2.2 蛋白质组学的研究方法和技术 |
2.2.3 蛋白质组学在体育科学中的应用 |
2.3 代谢组学 |
2.3.1 代谢组学的概念 |
2.3.2 代谢组学的研究方法和技术 |
2.3.3 代谢组学在体育科学中的应用 |
2.4 多组学技术在体育科学中的应用 |
3 研究对象与方法 |
3.1 研究对象 |
3.2 仪器与试剂 |
3.2.1 实验仪器 |
3.2.2 实验试剂 |
3.2.3 实验耗材 |
3.3 样本收集与处理 |
3.4 蛋白质组学检测 |
3.4.1 样本前处理 |
3.4.2 色谱质谱联用条件 |
3.4.3 数据处理 |
3.5 代谢组学检测 |
3.5.1 样本前处理 |
3.5.2 色谱质谱联用条件 |
3.5.3 数据处理 |
3.6 多组学富集分析 |
4 结果 |
4.1 基本信息 |
4.2 蛋白质组学 |
4.2.1 蛋白质的鉴定 |
4.2.2 主成分分析 |
4.2.3 正交偏最小二乘判别分析 |
4.2.4 差异蛋白的筛选 |
4.2.5 差异蛋白的GO功能富集分析 |
4.2.6 差异蛋白的KEGG富集分析 |
4.3 代谢组学 |
4.3.1 代谢物的鉴定 |
4.3.2 主成分分析 |
4.3.3 正交偏最小二乘判别分析 |
4.3.4 差异代谢物的筛选 |
4.3.5 代谢通路分析 |
4.4 多组学富集分析 |
5 分析与讨论 |
5.1 马拉松运动引起的肌肉损伤 |
5.2 马拉松运动对心血管系统的影响 |
5.3 马拉松运动引起的免疫调节 |
5.4 马拉松运动引起的脂肪代谢上调 |
5.5 本研究的局限和展望 |
6 研究结论 |
参考文献 |
附件 |
致谢 |
(6)骆驼尿液蛋白质及代谢组学分析及其对CCl4诱导小鼠肝损伤保护作用的研究(论文提纲范文)
摘要 |
abstract |
1 前言 |
1.1 蛋白质组学及代谢组学概述 |
1.1.1 蛋白质组学概述 |
1.1.2 代谢组学概述 |
1.1.3 蛋白质组学和代谢组学在骆驼科动物中的应用 |
1.2 骆驼尿液组成及其医用价值 |
1.2.1 尿液疗法 |
1.2.2 骆驼尿液及其化学成分 |
1.2.3 骆驼尿液的医用价值 |
1.3 肝损伤 |
1.3.1 急性肝损伤 |
1.3.2 慢性肝损伤 |
1.3.3 肝损伤模型的建立 |
1.3.4 转录组学及其在肝病研究中的应用 |
1.4 本研究立题意义和内容 |
1.4.1 研究目的和意义 |
1.4.2 研究内容 |
2 骆驼尿液蛋白质组学分析 |
2.1 前言 |
2.2 试验材料 |
2.2.1 骆驼尿液的采集 |
2.2.2 试验试剂和仪器 |
2.3 试验方法 |
2.3.1 样品处理 |
2.3.2 SDS-PAGE测定样品 |
2.3.3 FASP酶解 |
2.3.4 High p H反相分级 |
2.3.5 LC-MS质谱分析 |
2.3.6 质谱数据分析 |
2.3.7 GO功能和KEGG通路注释 |
2.3.8 GO注释与KEGG注释的富集分析 |
2.3.9 蛋白质相互作用网路分析(PPI) |
2.4 试验结果与分析 |
2.4.1 提取蛋白质的质量评估 |
2.4.2 质谱鉴定结果 |
2.4.3 GO功能注释分析结果 |
2.4.4 KEGG通路分析结果 |
2.4.5 驼尿蛋白网络的构建及其生物学意义 |
2.5 讨论 |
3 骆驼尿液代谢组学分析 |
3.1 前言 |
3.2 试验材料 |
3.2.1 骆驼尿液的采集 |
3.2.2 试验试剂和仪器 |
3.3 试验方法 |
3.3.1 样品处理 |
3.3.2 仪器参数设置 |
3.3.3 数据分析 |
3.4 试验结果与分析 |
3.4.1 试验质量评估 |
3.4.2 代谢物鉴定结果 |
3.4.3 代谢物通路分析 |
3.4.4 骆驼尿液中的活性成分 |
3.5 讨论 |
4 骆驼尿液对CCl_4诱导的急性肝损伤保护作用的研究 |
4.1 前言 |
4.2 试验材料 |
4.2.1 骆驼尿液的采集 |
4.2.2 试验动物 |
4.2.3 试验试剂和仪器 |
4.3 试验方法 |
4.3.1 动物分组及干预 |
4.3.2 血清指标检测 |
4.3.3 肝脏组织学检测 |
4.3.4 肝组织抗氧化指标的测定 |
4.3.5 肝组织转录组测序试验 |
4.3.6 差异基因的验证 |
4.3.7 数据处理 |
4.4 结果与分析 |
4.4.1 骆驼尿液对急性肝损伤小鼠血清生化指标的影响 |
4.4.2 骆驼尿液对急性肝损伤小鼠肝脏组织病理学的影响 |
4.4.3 骆驼尿液对急性肝损伤小鼠肝脏氧化损伤的影响 |
4.4.4 骆驼尿液对急性肝损伤小鼠炎症反应的影响 |
4.4.5 小鼠肝组织转录组学分析 |
4.5 讨论 |
5 骆驼尿液对CCl_4诱导的慢性肝损伤保护作用的研究 |
5.1 前言 |
5.2 试验材料 |
5.2.1 骆驼尿液的采集 |
5.2.2 试验动物 |
5.2.3 试验试剂和仪器 |
5.3 试验方法 |
5.3.1 动物分组及干预 |
5.3.2 血清指标检测 |
5.3.3 肝脏组织学检测 |
5.3.4 肝组织抗氧化指标的测定 |
5.3.5 肝组织转录组测序试验 |
5.3.6 差异基因的验证 |
5.3.7 数据处理 |
5.4 结果与分析 |
5.4.1 骆驼尿液对慢性肝损伤小鼠血清生化指标的影响 |
5.4.2 骆驼尿液对慢性肝损伤小鼠肝脏组织病理学的影响 |
5.4.3 骆驼尿液对慢性肝损伤小鼠肝脏胶原纤维沉积的影响 |
5.4.4 骆驼尿液对慢性肝损伤小鼠肝脏细胞凋亡的的影响 |
5.4.5 骆驼尿液对慢性肝损伤小鼠肝脏氧化损伤的保护作用 |
5.4.6 慢性肝损伤小鼠肝组织转录组学分析 |
5.5 讨论 |
6 结论与展望 |
6.1 结论 |
6.2 创新点 |
6.3 展望 |
致谢 |
参考文献 |
作者简介 |
(7)微纳材料表面抗体固定及高灵敏数字ELISA应用(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
1 绪论 |
1.1 前言 |
1.2 抗体固定表面化学 |
1.2.1 物理吸附 |
1.2.2 共价偶联 |
1.2.3 亲和作用力 |
1.3 抗体取向 |
1.3.1 抗体随机固定 |
1.3.2 .抗体定向固定 |
1.4 非特异性吸附影响 |
1.4.1 影响因素 |
1.4.2 固定化抗体的影响 |
1.4.3 抗非特异性吸附材料 |
1.5 表征方法 |
1.6 数字ELISA |
1.6.1 原理 |
1.6.2 数字ELISA应用 |
1.6.3 与传统ELISA比较 |
1.7 本文拟解决的科学问题及研究内容 |
2 纳米粒子表面高分子刷生长和表征 |
2.1 引言 |
2.2 实验试剂与仪器 |
2.3 实验部分 |
2.3.1 两性离子单体的制备 |
2.3.2 氨基硅纳米粒子的制备 |
2.3.3 BIBB修饰硅纳米粒子 |
2.3.4 硅纳米粒子表面生长不同电性高分子刷 |
2.3.5 X射线光电子能谱(XPS)表征 |
2.3.6 红外表征 |
2.3.7 纳米粒子表面膜电位表征 |
2.3.8 纳米粒子水力学直径表征 |
2.4 实验结果与讨论 |
2.4.1 单体核磁表征 |
2.4.2 XPS表征 |
2.4.3 红外表征 |
2.4.4 纳米粒子水力学直径表征 |
2.4.5 纳米粒子表面膜电位表征 |
2.4.6 HEMA聚合成胶 |
2.5 小结 |
3 抗体在不同高分子刷表面吸附及活性评价 |
3.1 引言 |
3.2 实验仪器与试剂 |
3.3 实验操作 |
3.3.1 抗体固定实验 |
3.3.2 酶联免疫吸附实验 |
3.3.3 抗体选择实验 |
3.3.4 pH对纳米粒子表面抗体活性影响实验 |
3.3.5 离子强度对纳米粒子表面抗体活性影响实验 |
3.3.6 粒径对纳米粒子表面抗体活性影响实验 |
3.3.7 复杂生化样品对纳米粒子表面抗体活性影响评价 |
3.3.8 竞争性ELISA |
3.4 实验结果与讨论 |
3.4.1 抗体选择实验 |
3.4.2 pH对纳米粒子表面抗体活性影响评价 |
3.4.3 离子强度对纳米粒子表面抗体活性影响评价 |
3.4.4 粒径对纳米粒子表面抗体活性影响 |
3.4.5 复杂生化样品对纳米粒子表面抗体活性影响评价 |
3.4.6 竞争性ELISA |
3.5 小结 |
4 高灵敏数字ELISA检测白介素-17A的探索 |
4.1 引言 |
4.2 实验仪器与试剂 |
4.3 实验操作 |
4.3.1 操作流程 |
4.3.2 初始条件 |
4.3.3 孵育方法比较 |
4.3.4 孵育条件比较 |
4.3.5 孵育时间比较 |
4.3.6 重复性实验 |
4.4 结果与讨论 |
4.4.1 初始条件 |
4.4.2 孵育方法 |
4.4.3 孵育条件比较 |
4.4.4 孵育时间比较 |
4.4.5 重复性实验 |
4.5 小结 |
结论 |
参考文献 |
攻读硕士学位期间发表学术论文情况 |
致谢 |
(8)湿疹湿证的临床观察及尿液代谢组学研究(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
引言 |
第一部分 文献研究 |
1.1 现代医学对湿疹的认识 |
1.1.1 湿疹的流行病学及病因学研究 |
1.1.2 湿疹的免疫性发病机制研究进展 |
1.2 中医学对湿疹的认识 |
1.2.1 病名沿革 |
1.2.2 病因病机 |
1.3 代谢组学概况 |
1.3.1 代谢组学的主要研究方法和技术 |
1.3.2 影响代谢组学特征的流行病学因素 |
1.4 代谢组学在湿证方面的研究进展 |
1.5 代谢组学在湿疹方面的研究进展 |
1.6 小结 |
第二部分 临床研究 |
2.1 病例来源和分组 |
2.2 诊断标准 |
2.2.1 湿疹的诊断标准 |
2.2.2 湿疹湿证的诊断标准 |
2.2.3 湿证的诊断标准 |
2.3 纳入标准 |
2.3.1 湿疹患者组纳入标准 |
2.3.2 健康对照组纳入标准 |
2.4 排除标准 |
2.4.1 湿疹患者组排除标准 |
2.4.2 健康对照组排除标准 |
2.5 样本量的估算 |
2.6 研究方案 |
2.6.1 治疗方案 |
2.6.2 疗效观察指标及时点 |
2.6.3 尿液标本采集时点及方法 |
2.6.4 安全性评价 |
2.6.5 不良事件的定义及处理 |
2.6.6 伦理审查 |
2.6.7 实验路线图 |
2.6.8 数据管理与统计分析方法 |
2.7 研究结果 |
2.7.1 一般情况 |
2.7.2 湿疹患者治疗前临床特征 |
2.7.3 湿热浸淫组湿疹患者治疗后病情及症状评分 |
2.7.4 脾虚湿蕴组湿疹患者治疗后病情及症状评分 |
2.7.5 安全性评价 |
2.8 讨论 |
第三部分 尿液代谢组学研究 |
3.1 标本来源及分组 |
3.2 仪器与材料 |
3.2.1 实验仪器 |
3.2.2 标准品和试剂 |
3.3 实验流程和方法 |
3.3.1 尿液样本处理 |
3.3.2 色谱质谱采集条件 |
3.3.3 样本质控分析 |
3.3.4 数据预处理方法 |
3.3.5 代谢组学分析方法 |
3.4 中医湿证的尿液代谢组学研究结果及讨论 |
3.4.1 湿证差异性代谢物及机制的研究结果 |
3.4.2 讨论 |
3.4.3 小结 |
3.5 中医湿证症状和体征的尿液代谢组学研究结果及讨论 |
3.5.1 苔腻的潜在生物标志物筛选 |
3.5.2 齿痕舌的潜在生物标志物筛选 |
3.5.3 便溏的潜在生物标志物筛选 |
3.5.4 讨论 |
3.6 湿疹湿热浸淫证治疗前后尿液代谢组学研究结果、分析和讨论 |
3.6.1 健康组与湿疹治疗前后尿液代谢物的OPLS-DA得分图 |
3.6.2 湿疹差异性代谢物的研究结果 |
3.6.3 湿热浸淫证治疗前后差异性代谢物的研究结果 |
3.6.4 讨论 |
3.6.5 小结 |
3.7 湿疹脾虚湿蕴证治疗前后尿液代谢组学研究结果、分析和讨论 |
3.7.1 湿疹差异性代谢物的研究结果 |
3.7.2 湿疹脾虚湿蕴证治疗前后差异性代谢物的研究结果 |
3.7.3 讨论 |
3.7.4 小结 |
第四部分 尿液靶向氨基酸代谢组学研究 |
4.1 标本来源及分组 |
4.2 仪器与材料 |
4.3 实验流程和方法 |
4.3.1 尿液样本的提取 |
4.3.2 色谱质谱采集条件 |
4.3.3 定性与定量原理 |
4.3.4 定性定量分析 |
4.3.5 标准曲线 |
4.3.6 质控数据分析 |
4.3.7 数据处理及统计方法 |
4.4 代谢组学分析方法 |
4.5 湿疹湿热浸淫证和脾虚湿蕴证治疗前后差异性氨基酸研究结果 |
4.5.1 多元统计分析结果 |
4.5.2 差异性氨基酸的筛选 |
4.5.3 差异性氨基酸的Z值图、聚类热图分析 |
4.5.4 尿液差异性氨基酸相关代谢通路 |
4.6 讨论 |
4.6.1 湿疹湿热浸淫证治疗前后代谢通路分析和讨论 |
4.6.2 湿疹脾虚湿蕴证治疗前后代谢通路分析和讨论 |
4.7 小结 |
结语 |
参考文献 |
附录 |
在校期间发表论文情况 |
致谢 |
附件 |
(9)基于数据分析的入体液分泌蛋白预测研究(论文提纲范文)
摘要 |
abstract |
第1章 绪论 |
1.1 研究意义 |
1.2 本文的主要工作 |
1.3 本文的结构 |
第2章 研究基础 |
2.1 入体液分泌蛋白质组学技术 |
2.1.1 蛋白质组学技术 |
2.1.2 17种常用体液的蛋白质组学比较 |
2.1.3 蛋白质组数据库简介 |
2.2 可计算的预测方法 |
2.2.1 基于SVM的分泌蛋白预测 |
2.2.2 基于Ranking的分泌蛋白预测 |
2.2.3 基于网络的分泌蛋白预测 |
2.2.4 可计算方法性能比较 |
2.3 深度学习技术简介 |
第3章 入体液分泌蛋白的搜集与分析 |
3.1 引言 |
3.2 蛋白质的搜集与分析 |
3.2.1 蛋白质的搜集及处理 |
3.2.2 不同体液中蛋白质分布情况分析 |
3.3 蛋白质入体液的置信度评价 |
3.3.1 蛋白质丰度分析 |
3.3.2 蛋白质置信度计算 |
3.4 资源整合与共享 |
3.5 本章小结 |
第4章 基于蛋白质通用特征的入血液分泌蛋白预测 |
4.1 引言 |
4.2 研究过程 |
4.2.1 数据搜集 |
4.2.2 特征搜集 |
4.2.3 特征选择 |
4.2.4 算法实现 |
4.3 研究结果 |
4.3.1 模型性能评估 |
4.3.2 与SVM模型的比较 |
4.4 本章小结 |
第5章 基于蛋白质序列特征的入体液分泌蛋白预测及应用 |
5.1 引言 |
5.2 研究过程 |
5.2.1 数据搜集及处理 |
5.2.2 PSSM矩阵的生成 |
5.2.3 蛋白质序列长度预处理 |
5.2.4 算法实现 |
5.3 研究结果 |
5.3.1 12种体液的模型性能评估 |
5.3.2 与SVM模型的比较 |
5.4 血液分泌蛋白预测实例 |
5.5 模型应用:在血液分泌蛋白中寻找肾癌标志物 |
5.5.1 肾癌差异表达基因的识别 |
5.5.2 血液中肾癌潜在标志物的预测 |
5.6 本章小结 |
第6章 总结与展望 |
6.1 研究总结 |
6.2 研究展望 |
参考文献 |
作者简介及在学期间所取得的科研成果 |
致谢 |
(10)糖尿病肾病蛋白质组学研究进展(论文提纲范文)
1蛋白质组学研究技术 |
1.1蛋白质分离技术 |
1.2蛋白质鉴定技术 |
1.3蛋白质定量技术 |
1.4蛋白质相互作用分析技术 |
2蛋白质组学在糖尿病肾病中的应用 |
2.1蛋白组学在DKD发病机制研究中的应用 |
2.2 蛋白组学在DKD早期诊断研究中的应用 |
2.3 蛋白质组学在DKD治疗研究中的应用 |
3总结与展望 |
四、尿液蛋白质的检测及临床评价(论文参考文献)
- [1]尿蛋白组学现代化检测技术及其在运动中的应用[J]. 杨玲,林文弢. 中国体育教练员, 2021(02)
- [2]稳定性冠心病痰瘀互结证与血瘀证的DIA定量蛋白质组学研究[D]. 杨光. 中国中医科学院, 2021(02)
- [3]尿液蛋白富集方法的比较[J]. 滕洪明,崔莹,王樱洁,逄越,李庆伟. 生物工程学报, 2021(11)
- [4]消防员体能测试后尿液蛋白质组学特征研究[D]. 胡宇翔. 上海体育学院, 2021(12)
- [5]马拉松运动前后男性业余选手尿液蛋白质组学和代谢组学的研究[D]. 秦申奥. 上海体育学院, 2021(12)
- [6]骆驼尿液蛋白质及代谢组学分析及其对CCl4诱导小鼠肝损伤保护作用的研究[D]. 海勒. 内蒙古农业大学, 2021
- [7]微纳材料表面抗体固定及高灵敏数字ELISA应用[D]. 王兴龙. 大连理工大学, 2021(01)
- [8]湿疹湿证的临床观察及尿液代谢组学研究[D]. 秦爽. 广州中医药大学, 2021(02)
- [9]基于数据分析的入体液分泌蛋白预测研究[D]. 邵丹. 吉林大学, 2021(01)
- [10]糖尿病肾病蛋白质组学研究进展[J]. 和书航,陈路路,秦亮,戴晓艳,邱凯笛,陈涤凡,王晓东. 中国科学:生命科学, 2021(04)